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Protocole d’enquête microbiologique concernant les Infections Respiratoires Aiguës Sévères (IRAS)

1.0 Introduction

C’est le Réseau de préparation des laboratoires à une pandémie d’influenza du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada qui a préparé ces lignes directrices.

Même si le protocole concernant les infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) a d’abord été élaboré en réponse à l’éclosion de SRAS de 2003, il vise à faciliter le diagnostic des infections respiratoires sévères causées par des agents pathogènes des voies respiratoires, connus ou non, pouvant causer des épidémies à grande échelle. Tant dans le cas du MERS-CoV que dans le cas du nouveau virus H7N9, un facteur clé est la détermination du risque fondé sur des facteurs épidémiologiques, qui est ensuite associé à l’exposition dans un « secteur préoccupant ». La première évaluation du risque doit être effectuée en collaboration avec le ministère de la Santé (MS) local. En cas d’alerte concernant une IRAS, les cliniciens devraient « envisager, aviser et détecter » :

  • envisager la possibilité d’une nouvelle infection des voies respiratoires (p. ex. nouveau virus grippal de type A);
  • aviser le médecin-hygiéniste local ou le responsable local de la santé publique;
  • détecter l’agent pathogène uniquement après une consultation appropriée et en fonction des symptômes cliniques.

2.0 Protocole de Laboratoire (Figure 1)

Même si les évaluations du risque seront modifiées au fur et à mesure que de nouveaux renseignements deviendront disponibles, en ce moment, il est extrêmement peu probable qu’une maladie des voies respiratoires aiguë sévère soit causée par le MERS-CoV ou virus H7N9. Par conséquent, chez les patients ne présentant pas de facteurs de risque épidémiologiques, les agents pathogènes les plus courants devraient être écartés avant d’envisager la présence d’un agent pathogène inhabituel ou fortement virulent. Ces analyses peuvent être faites au laboratoire local ou au laboratoire provincial de santé publique (LPSP) en fonction de la capacité et de l’expertise locales.

On doit envisager le prélèvement des échantillons suivants : expectorations, écouvillonnage du nasopharynx, lavage bronchoalvéolaire, sécrétions endotrachéales et écouvillonnage de la gorge. Chez les patients pédiatriques, l’aspirat rhinopharyngé peut remplacer adéquatement l’écouvillonnage du nasopharynx.

Les agents pathogènes qui devraient être éliminés dans le cadre des analyses préliminaires comprennent :

  • les bactéries courantes (notamment Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila)
    • - Échantillons : expectorations et urine
    • - Analyses : coloration de Gram et culture courante ± Legionella
      • PCR pour Mycoplasma pneumoniae
      • antigène de Legionella dans les urines
  • les virus courants des voies respiratoires (p. ex. grippe humaine, virus parainfluenza, virus respiratoire syncytial, adénovirus, métapneumovirus humain, rhinovirus/entérovirus, coronavirus)
    • - Échantillons : écouvillonnage du nasopharynx, sécrétions endotrachéales, lavage bronchoalvéolaire, +/- écouvillonnage de la gorge et expectorations.
      • L’écouvillonnage du nasopharynx est la principale méthode de prélèvement pour la détection des virus des voies respiratoires, y compris le virus de la grippe saisonnière. Toutefois, selon l’expérience tirée de la pandémie de grippe H1N1, des prélèvements plus profonds, comme les sécrétions endotrachéales ou le lavage bronchoalvéolaire, doivent être faits en cas d’infection sévère des voies respiratoires si l’écouvillonnage du nasopharynx est négatif.
      • Un certain nombre de virus de la grippe aviaire de type A, dont H7N9, ont été détectés dans des prélèvements de la gorge. Récemment, H7N9 n’était détectable que dans l’échantillon d’expectorations chez 1 patient sur 4. Même si les expectorations et l’écouvillonnage de la gorge ne sont pas les méthodes idéales pour la plupart des virus de la grippe, tant que la méthode de prélèvement idéale pour H7N9 n’aura pas été déterminée, divers types d’échantillons devraient être envisagés chez les patients que l’on soupçonne d’être infectés par un virus de la grippe aviaire de type A.
    • - Analyses:
      • La détection des virus de la grippe A et B par RT-PCR avec sous-typage (H3N2 ou H1N1) devrait être la principale méthode de diagnostic de la grippe (délai d’exécution de 24 heures).
      • La RT-PCR multiplex pour la détection de virus des voies respiratoires (virus parainfluenza, métapneumovirus humain, coronavirus, rhinovirus/entérovirus et adénovirus) devrait être effectué sur les échantillons négatifs pour la grippe (délai d’exécution de 48 heures) en cas d’indication clinique en faveur de la détection des virus non grippaux.
      • Le test de détection rapide de la grippe (TDRG) ne devrait pas servir à exclure la grippe de type A. La sensibilité du TDRG actuellement disponible pour les souches de grippe humaine est sous-optimale. Les caractéristiques de rendement des tests de détection de H7N9 actuellement sur le marché sont inconnues; elles laissent probablement à désirer si l’on se fie à la sensibilité sous-optimale de ces analyses pour les autres souches de grippe aviaire.
      • Les nouveaux virus de la grippe de type A et les nouveaux coronavirus sont des agents pathogènes classés dans le groupe de risque 3. Les cultures habituelles d’échantillons prélevés chez des patients que l’on soupçonne d’être atteints ne devraient être effectuées que dans des laboratoires de santé publique ayant des installations de confinement de niveau 3.
  • Si des échantillons sont prélevés par des méthodes plus effractives, ils devraient être soumis à des analyses visant une vaste gamme d’agents pathogènes :
    • - lavage bronchoalvéolaire pour toutes les cultures (bactéries, virus, mycobactéries, champignons);
    • - biopsie pulmonaire à thorax ouvert – pour toutes les cultures, RT-PCR et analyse histologique (s’assurer que l’échantillon N’EST PAS CONSERVÉ DANS DU FORMALDÉHYDE)

Quand doit-on soupçonner une infection par le MERS CoV?

Des données limitées évoquent la possibilité que MERS-CoV soit présent en tant que co infection avec d’autres agents pathogènes viraux. C’est pourquoi on doit soumettre à des tests de détection de MERS-CoV tant les échantillons dont les résultats sont négatifs pour les agents pathogènes courants que les échantillons contenant des agents pathogènes connus, mais qui sont compatibles avec des cas soupçonnés d’infection par le MERS-CoV selon la définition de cas de l’ASPC. Des précisions concernant les analyses et certains matériels témoins pour l’élaboration de la méthode peuvent être obtenues du Laboratoire national de microbiologie (LNM). Jusqu’à maintenant, seuls quelques LPSP ont acquis la capacité d’effectuer à l’interne les analyses concernant cet agent pathogène. Tous les autres LPSP transmettront les échantillons suspects au LNM pour qu’ils fassent l’objet d’analyses plus poussées.

Quand doit-on soupçonner une infection par un nouveau virus de la grippe (y compris H7N9)?

Les virus de la grippe qui ont été détectés par le premier test de détection de la grippe, mais dont le sous-type ne peut être déterminé par RT-PCR doivent faire l’objet d’une caractérisation approfondie. Les laboratoires qui ont la capacité d’effectuer une caractérisation approfondie des échantillons par des méthodes de séquençage (p. ex. séquençage du gène M) afin de déterminer le sous-type du virus le feront. Les autres feront appel au LNM à cette fin. Toutefois, comme les analyses de sous-typage sont généralement moins sensibles que les analyses d’identification, il peut être impossible de déterminer le type dans les échantillons faiblement positifs. Selon son expérience, le laboratoire local devrait évaluer la situation au cas par cas en collaboration avec les cliniciens locaux et leurs collègues de la santé publique.

Les échantillons positifs pour la grippe recueillis en dehors de la saison grippale ou prélevés chez des patients ayant des antécédents d’exposition à des animaux (p. ex. porcs ou poulets) devraient habituellement être soumis au LNM à des fins de caractérisation.

REMARQUE : Même si l’évaluation initiale des analyses utilisées à l’interne par de nombreux laboratoires porte à croire que ces analyses seraient efficaces pour détecter H7N9, il est difficile de déterminer leur sensibilité dans ce cas. C’est particulièrement vrai pour le rendement des analyses commerciales dont les séquences d’amorce sont inconnues.

Si un laboratoire de première ligne soupçonne une infection par un nouvel agent pathogène des voies respiratoires :

Les premières analyses (décrites ci dessus) seraient les mêmes, mais des analyses additionnelles doivent être effectuées par le LPSP. Le laboratoire doit communiquer avec le clinicien pour s’assurer que les échantillons ci dessous sont prélevés :

  • un deuxième écouvillonnage du nasopharynx/aspirat endotrachéal ou lavage bronchoalvéolaire qui sera utilisé par le LNM à des fins de confirmation;
  • un écouvillonnage de la gorge pour détecter le virus (dans un milieu de transport pour virus) – Un certain nombre de virus de la grippe aviaire de type A, dont H7N9, ont été détectés dans des prélèvements de gorge. Jusqu’à ce que l’échantillon idéal puisse être prélevé, on doit envisager le prélèvement de plusieurs échantillons;
  • sérum en phase aiguë et en phase de convalescence;
  • écouvillonnage de la conjonctive, s’il est cliniquement indiqué (dans un milieu de transport pour virus).

Si un laboratoire de santé publique soupçonne une infection par un nouvel agent pathogène des voies respiratoires

  • Le LPSP doit immédiatement aviser le MS lorsqu’il détecte des échantillons suspects.
  • Tous les échantillons où la présence d’un nouvel agent pathogène des voies respiratoires est soupçonnée (tel que décrit ci-dessus) doivent être acheminés au LNM afin de faire l’objet d’analyses de confirmation.
  • Tous les échantillons où la présence d’un nouveau virus des voies respiratoires est soupçonnée devraient être manipulés conformément au niveau de confinement 2 et avec un EPI offrant une protection accrue s’ils sont manipulés hors d’une ESB.

Figure 1:

  • Envisager la possibilité d’une nouvelle infection des voies respiratoires (p. ex. nouveau virus grippal de type A).
  • Aviser le médecin-hygiéniste local ou le responsable local de la santé publique.
  • Détecter l’agent pathogène uniquement après une consultation appropriée et en fonction des symptômes cliniques.


Équivalent textuel - Figure 1


3.0 Transport des échantillons

Si le cas a été lié à un cas avéré d’infection par un nouveau virus des voies respiratoires, ou s’il existe des données épidémiologiques probantes qui permettent de l’associer à la grippe aviaire, veuillez manipuler l’échantillon selon les directives présentées ci-dessous; sinon, le traiter de la même façon que les échantillons cliniques habituels.

Transport terrestre :
Si l’agent soupçonné est classé dans le groupe de risque 3, utiliser un emballage de type 1A.
(Une modification est possible pour le transport aérien, voir ci-dessous.)

D’autres exigences en vertu des règlements sur le TMD concernant la formation, l’étiquetage, le marquage et la documentation s’appliquent.

Transport aérien :
Les instructions techniques de l’Organisation de l’aviation civile internationale (OACI) ainsi que certaines dispositions additionnelles des règlements sur le TMD peuvent s’appliquer au transport par aéronef d’échantillons de diagnostic. Les envois préparés de la manière suivante peuvent être également transportés par route à destination et en provenance de l’aéroport.

En vertu des instructions techniques de l’OACI, l’appellation réglementaire ÉCHANTILLON DE DIAGNOSTIC UN3373 doit être utilisée pour tous les échantillons de diagnostic s’ils contiennent potentiellement un agent grippal appartenant au groupe de risque 3. Les échantillons de diagnostic sont exemptés de l’application des autres exigences des instructions techniques de l’OACI s’ils sont emballés dans un emballage de bonne qualité qui résiste à une épreuve de chute de 1,2 m. Un emballage de type 1A répond à ces exigences. Un emballage de type 1B ne peut être utilisé que s’il répond aux exigences additionnelles de l’OACI concernant le rembourrage du récipient secondaire, l’épreuve de chute et l’aptitude à maintenir la pression.