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Lignes directrices nationales sur la surveillance des cas d'infection par le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (CoV-SRMO)

Table des matières

CONTEXTE

L'objectif principal de la surveillance du virus respiratoire émergent est la détection précoce les cas au Canada, aux fins de confinement. Dans le cas où le confinement n'est plus possible, la surveillance du virus respiratoire émergent met l'accent sur la sensibilisation des groupes chargés des mesures de santé publique pour permettre le ciblage et la priorisation des interventions visant à atténuer les risques et les répercussions.

Le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (CoV-SRMO) est un nouveau coronavirus signalé pour la première fois dans le monde comme agent pathogène pour les humains en septembre 2012. Il a été identifié à partir d'un échantillon recueilli chez un résident de l'Arabie saoudite dont les symptômes sont apparus en juin 2012 et qui est décédé de la maladie. On a déterminé ultérieurement et de façon rétrospective que deux décès associés à une grappe nosocomiale détectée plus tôt (avril 2012) en Jordanie étaient aussi dus à ce virus.

Les cas de CoV-SRMO contractés localement sont apparus surtout au Moyen-Orient et de façon prédominante en Arabie saoudite. Des cas associés à un voyage ont également été signalés par des pays qui ne sont pas situés au Moyen-Orient et, jusqu'à présent, les exportations vers ces pays n'ont pas révélé de retransmission, à l'exception de quelques cas de transmission secondaire et tertiaire aux contacts étroits de cas impliquant un contact direct ou indirect au Moyen-Orient. Une liste à jour des pays touchés se trouve dans le document sur les conseils de santé aux voyageurs concernant le CoV-SRMOLien externe du gouvernement du Canada.

CoV-SRMOJusqu'à maintenant, les cas d'infection par le CoV-SRMO sont survenus sous forme de grappes discrètes au sein de familles, de foyers ou d'établissements hospitaliers, notamment par transmission limitée aux parents, aux visiteurs et aux compagnons de chambre des patients et aux travailleurs de la santé. Au cours des trois dernières années, l'incidence croissante des cas primaires de CoV-SRMO au printemps semble indiquer qu'il existe une tendance saisonnière. Cependant, l'augmentation du nombre et de la proportion de cas secondaires, surtout chez les travailleurs de la santé, signalée depuis le mois de mars 2014 était associée en grande partie aux éclosions dans les établissements de soins de santé et aux manquements aux mesures de contrôle et de prévention des infections recommandées par l'Organisation mondiale de la Santé. Aucun changement important n'a été apporté au tableau clinique. La plupart des cas concernent des hommes adultes et les personnes présentant des comorbidités sont plus gravement malades. Les cas secondaires présentent généralement une maladie plus bénigne ou une absence de symptômes; cependant, des maladies graves, dont des décès, ont été observées parmi les cas secondaires, y compris les travailleurs de la santé. Aucune propagation interhumaine soutenue au sein des communautés n'a encore été documentée.

On s'interroge toujours quant au réservoir zoonotique ou au rôle des espèces animales intermédiaires. Cependant, de récentes études appuient l'idée que les chameaux représentent une source principale du CoV-SRMO chez les humains et qu'aucun autre animal d'élevage n'y est associé. Cependant, le mode exact d'exposition directe ou indirecte est encore inconnu. La découverte de la voie de transmission entre les chameaux et les humains demeure essentielle pour arrêter l'introduction initiale dans les populations humaines. Parmi les coronavirus communs dont le potentiel infectieux chez les humains est connu, le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV) est celui qui s'apparente le plus au CoV-SRMO d'un point de vue phylogénétique - bien qu'il ne lui soit que lointainement apparenté.

Buts et objectifs de la surveillance

Compte tenu des données probantes recueillies à ce jour, l'intervention de santé publique a comme but principal la détection précoce et le confinement des cas.

À cet effet, les objectifs suivants en matière de surveillance nationale ont été définis :

  1. détecter en temps opportun l'importation des cas humains d'infection par le CoV-SRMO au Canada;
  2. surveiller l'incidence des cas et la répartition géographique des nouveaux cas au fil du temps;
  3. décrire et surveiller les changements des caractéristiques cliniques, épidémiologiques et virologiques de la maladie (p. ex. caractéristiques cliniques et progression, morbidité, mortalité, période d'incubation, intervalle entre deux cas d'une série, période infectieuse [le début, la pointe et la fin], mode de transmission et populations à risque);
  4. aviser les intervenants et leur transmettre de l'information afin de faciliter la réalisation en temps opportun des activités appropriées en matière de santé publique et fournir des renseignements crédibles au public;
  5. identifier les lacunes liées aux connaissances qui amélioreraient la sensibilisation des groupes chargés des mesures d'intervention de santé publique.

Recherche de cas et investigation des cas

Définition de cas

L'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) a élaboré des définitions de cas aux fins de classification et de déclaration des cas humains d'infection par le CoV-SRMO. Ces définitions se trouvent sur le site Web de l'Agence de la santé publique du Canada.

Identification des cas et entrevue

La confirmation en laboratoire d'un cas d'infection par le CoV-SRMO justifie le déclenchement immédiat d'activités et d'enquêtes en matière d'intervention de santé publique. Cependant, puisque le délai de la collecte, de l'expédition et de l'analyse des échantillons nécessite habituellement plusieurs jours (ou plus), il se peut que la mesure d'intervention de santé publique préventive (p. ex. isolement, recherche de contacts et surveillance) doive être lancée avant que les résultats des analyses en laboratoire soient disponibles pour les cas soupçonnés dont le degré de suspicion est élevé.

Le patient et/ou les membres de sa famille (si le patient est trop malade pour être interrogé ou s'il est décédé) devrait faire l'objet d'une entrevue dans les 24 à 48 premières heures de l'investigation afin de recueillir des renseignements démographiques, cliniques et épidémiologiques de base. Un modèle de formulaire de déclaration de cas ou d'investigation à utiliser aux fins de l'entrevue se trouve sur le site Web de l'Agence de la santé publique du Canada. Les provinces et les territoires peuvent choisir d'utiliser ce formulaire ou un formulaire semblable adapté à cette fin au sein de leurs compétences respectives.

Information de base essentielle

Dans le délai de 24 heures suivant l'émission de l'avis, les éléments de données prioritaires suivants (encadré 1) doivent être soumis à l'Agence de la santé publique du Canada Footnote 1.

Encadré 1. Éléments de données prioritaires à déclarer

  • Nom de la province ou territoire déclarante
  • Indiquer s'il s'agit d'une éclosion ou d'un cas lié à une grappe?
  • Classification des cas (confirmés et probables)
  • Sexe
  • Âge
  • Date d'apparition de la maladie
  • Symptômes
  • En cas d'hospitalisation/Date de l'hospitalisation
  • En cas d'admission dans une unité de soins intensifs/Date de l'admission dans l'unité de soins intensifs
  • En cas de décès/Date du décès
  • Laboratoire - Date et type d'échantillon recueillis, méthode d'analyse et résultat (le cas échéant)
  • Antécédents de voyage dans un délai de deux semaines précédant l'apparition des symptômes
  • Autres expositions possibles (p. ex. contact avec un malade, animal et aliment) dans un délai de deux semaines précédant l'apparition des symptômes

Identification, surveillance et gestion des contacts

Il convient de connaître et de surveiller les contacts étroitsFootnote 2 de cas confirmés ou probables pour détecter l'apparition de symptômes respiratoires dans les 14 jours suivant la dernière exposition à un cas confirmé ou probable lorsque celui-ci présentait des symptômes.

L'analyse du CoV-SRMO au Canada doit être mise en œuvre seulement après l'exécution d'une évaluation des risques par un clinicien, un médecin hygiéniste, un microbiologiste clinique ou médical ou un spécialiste des maladies infectieuses. L'analyse des contacts étroits (faiblement ou gravement symptomatiques) doit être envisagée en fonction de l'évaluation des risques.

Le suivi devrait comprendre des tests d'amplification des acides nucléiques (TAAN) aux fins de dépistage du coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (CoV-SRMO) et d'autres pathogènes des voies respiratoires chez tous les contacts étroits qui développent des symptômes respiratoires dans les deux semaines suivant l'exposition à un cas confirmé ou probable de CoV-SRMO, peu importe le degré de gravité. Le dépistage systématique des cas asymptomatiques n'est pas recommandé. Si une éclosion est constatée, le sérum et la sérologie peuvent fournir de l'information complémentaire. Toutefois, les retards dans les résultats rendent ces renseignements inutiles pour la gestion de cas. Les tests sérologiques au Canada pour le dépistage du CoV-SRMO ne sont pas accessibles aux fins d'utilisation courante, car ils ne sont pas validés et n'ont pas fait l'objet de contrôle de la qualité.

Un registre des paramètres épidémiologiques et cliniques des cas doit être tenu et les détails doivent être consignés en ce qui concerne la date de la première et de la dernière exposition courante ou la date de contact avec le cas confirmé ou probable, les symptômes, la date de la première apparition des symptômes et le type de symptôme, la date et le type d'échantillons recueillis et les autres données pertinentes pour l'enquête. Ce registre aidera à comprendre rapidement les paramètres de transmission du CoV-SRMO et les autres paramètres épidémiologiques cliniques à l'appui de l'analyse des risques et de l'intervention.

Des renseignements détaillés sur le suivi des contacts et des cas et sur les mesures d'intervention de santé publique se trouvent dans le document Gestion de la santé publique à l'égard de la maladie humaine associée au coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient.CoV-SRMOCoV-SRMO

Surveillance accrue

Aux fins de confinement, la surveillance des virus respiratoires émergents met l'accent avant tout sur la surveillance dans les hôpitaux pour assurer une détection et une gestion précoces des infections respiratoires aiguës sévères. Cela s'explique par le fait qu'il est impossible d'obtenir les antécédents de voyage et de mener de vastes activités de surveillance et d'analyse en laboratoire pour tous les cas peu sévères de maladies respiratoires au sein de la collectivité. Par l'entremise de communications ciblées, les personnes sont encouragées à surveiller elles-mêmes les maladies respiratoires aiguës dans un délai de 14 jours à la suite (a) d'un voyage ou d'un séjour dans les régions touchées du Moyen-Orient ou dans des endroits où les maladies se transmettent actuellement d'un humain à l'autre (p. ex. hôpitaux de la Corée du Sud en 2015) ou (b) d'un contact étroit avec une personne présentant des antécédents de voyage de ce genre et des symptômes de maladie respiratoire.

Dans le cas de certains virus respiratoires émergents, comme le CoV-SRMO, pour lesquels un spectre de la maladie comprenant les cas peu sévères ou asymptomatiques est reconnu (et pour lesquels la transmission interhumaine et la prolifération des cas ont été observées en fonction de paramètres ou de concentration de cas discrets ou à risque élevé), il peut s'avérer raisonnable de tenir compte des diagnostics en laboratoire pour les patients dotés d'antécédents d'exposition, et ce, même si la maladie respiratoire est considérée peu sévère ou inexistante à la suite d'une évaluation des risques par un clinicien, un médecin hygiéniste, un microbiologiste clinique ou médical ou un spécialiste des maladies infectieuses. Une approche de ce genre peut aider le confinement et la prévention des chaînes de transmission inconnues et de la prolifération de l'éclosion du virus ailleurs.

Parmi les caractéristiques qui peuvent accroître la probabilité d'un diagnostic du CoV-SRMO avant l'analyse et qui doivent être considérées dans le cadre de l'évaluation des risques, on retrouve la présence dans les milieux de transmission reconnus (p. ex. établissements de soins de santé) ou l'exposition à des chameaux ou à des produits du chameau (p. ex. viande et lait crus et sécrétions ou excrétions, y compris l'urine) dans une région très touchée (p. ex. Arabie saoudite).

Dans les régions canadiennes où des cas CoV-SRMO ont été confirmés, en plus des cas actifs et du suivi du contact étroit, une surveillance communautaire accrue peut s'avérer nécessaire pour détecter les chaînes de transmission ou les cas sporadiques inconnus. La région géographique ciblée devrait être évaluée et définie par les expositions soupçonnées du cas confirmé faisant l'objet de l'investigation. La durée de la surveillance accrue dépendra des conclusions de l'investigation et de la présence ou de l'absence de preuves indiquant une transmission durable possible dans la région. Une surveillance accrue pendant au moins un mois (environ deux périodes d'incubation) constitue un point de départ raisonnable.

Aspects des activités de surveillance accrue :

  • Mettre en place des mécanismes pour transférer rapidement les échantillons des laboratoires de première ligne aux laboratoires de santé publique provinciaux et au Laboratoire national de microbiologie, conformément à l'algorithme de dépistage dans votre compétence.
  • La communication aux cliniciens de la collectivité du besoin de vigilance accrue et des facteurs justifiant l'identification, l'analyse et la déclaration d'un cas.

Objectifs et activités de surveillance accrue recommandés pour divers scénarios

L'évaluation des risques la plus récente au Canada se trouve dans le document suivant : Résumé de l'évaluation du risque pour la santé publique au Canada associé au CoV-SRMO

Objectifs de surveillance recommandés et activités
Buts de l'intervention de santé publique Scénario Surveillance, investigation et autres activités épidémiologiques
*Dans tous les scénarios, il faut poursuivre la surveillance de routine des agents pathogènes respiratoires au Canada.
Confinement

But : Recueillir de l'information pour comprendre le virus (axée sur l'intervention au niveau individuel)

Transmission chez l'homme inexistante du CoV-SRMO Cas à l'extérieur du Canada
  • Surveiller la maladie à l'extérieur du Canada (examiner les données du pays d'origine).
  • Élaborer des définitions de cas, des lignes directrices en matière de surveillance et de tests ainsi que des exigences en matière de déclaration.
  • Réaliser une évaluation des risques afin de déterminer le risque potentiel pour les Canadiens.
  • Accroître les capacités de dépistage des provinces canadiennes, y compris les protocoles et l'assurance de la qualité (panels de vérification).

Cas au Canada

  • Partager en temps opportun les renseignements épidémiologiques (rapports) au moyen notamment d'alertes de santé publique émises par le Réseau canadien de renseignements sur la santé publique (RCRSP) et de téléconférences.
  • Mener des investigations des cas actifs et les contacts.
  • Recueillir des données de surveillance sur les cas afin de déterminer l'épidémiologie de l'infection et d'orienter l'évaluation des risques (déclarer les cas en utilisant le Formulaire de déclaration des cas d'agents pathogènes des voies respiratoires émergents et d'infections respiratoires aiguës sévères [IRAS] ou un formulaire équivalent utilisé par la province ou le territoire) dans le but de contenir la transmission de la maladie.
  • Déterminer le spectre clinique de la maladie, le taux d'incidence et la mortalité.
  • Déterminer la personne, le lieu et le moment et, si possible, évaluer la période d'incubation, l'intervalle entre deux cas d'une série, la période infectieuse (le début, la pointe et la fin) et les échantillons du virus détecté, y compris le type d'échantillon et le moment optimal.
  • Peaufiner les définitions de cas, les lignes directrices en matière de surveillance, de protocoles et de tests, ainsi que les exigences en matière de déclaration.
Transmission sporadique ou limitée chez l'homme du CoV-SRMO

*p. ex. Le virus en cause a provoqué l'éclosion de cas sporadiques ou de petites concentrations de cas chez l'homme, mais il n'a pas entraîné de cas de transmission interhumaine d'une ampleur suffisante pour créer des éclosions au niveau des collectivités.

Cas à l'extérieur du Canada
  • Surveiller la maladie à l'extérieur du Canada (examiner les données du pays d'origine).
  • Élaborer les définitions de cas, les lignes directrices en matière de surveillance, de protocoles et de tests, ainsi que les exigences en matière de déclaration.0
  • Réaliser une évaluation des risques afin de déterminer le risque potentiel pour les Canadiens.
  • Se préparer à l'arrivée et à la propagation du virus au Canada.

Cas au Canada

  • Rechercher les cas actifs et les contacts pour déterminer l'épidémiologie de l'infection et orienter l'évaluation des risques (déclarer les cas en utilisant le Formulaire de déclaration des cas d'agents pathogènes des voies respiratoires émergents et d'infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) ou un formulaire équivalent utilisé par la province ou le territoire).
  • Déterminer le spectre clinique de la maladie, le taux d'incidence et la mortalité.
  • Déterminer la personne, le lieu et le moment et, si possible, évaluer la période d'incubation, l'intervalle entre deux cas d'une série, la période infectieuse (le début, la pointe et la fin) et les échantillons du virus détecté, y compris le type d'échantillon et le moment optimal.
  • Améliorer les relations entre les laboratoires et la santé publique en ce qui concerne le CoV-SEMO pour améliorer la capacité à repérer les cas et les concentrations de cas.
  • Partager en temps opportun les renseignements épidémiologiques (rapports) au moyen notamment d'alertes de santé publique émises par le Réseau canadien de renseignements sur la santé publique (RCRSP) et de téléconférences.
  • Mobiliser les ressources pour mener des investigations actives.
  • Redéfinir les définitions de cas, les lignes directrices en matière de surveillance et les exigences en matière de déclaration, ainsi que les formulaires de suivi des contacts, au besoin.
Atténuation

But : Déterminer les facteurs de risque pour cibler les interventions (axés sur les interventions au niveau de la population).

Transmission du CoV-SRMO soutenue chez l'homme

*p. ex. L'ampleur du virus est suffisante pour créer des éclosions au niveau des collectivités.

Cas à l'extérieur du Canada
  • Surveiller la maladie à l'extérieur du Canada (examiner les données du pays d'origine).
  • Élaborer des définitions de cas, des lignes directrices en matière de surveillance, de protocoles et de tests, ainsi que des exigences en matière de déclaration.
  • Réaliser une évaluation des risques afin de déterminer le risque potentiel pour les Canadiens.
  • Se préparer à l'arrivée et à la propagation du virus au Canada.

Cas au Canada

  • Effectuer une recherche intensive des cas (déclarer les cas en utilisant le Formulaire de déclaration des cas d'agents pathogènes respiratoires émergents et les infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) ou un formulaire équivalent utilisé par la province ou le territoire) jusqu'à ce que l'on dispose de suffisamment d'information. Après les 100 premiers cas au Canada, déclarer les principaux éléments de données des cas en utilisant une liste en ligne.
  • Partager en temps opportun les renseignements au moyen notamment d'alertes de santé publique émises par le Réseau canadien de renseignements sur la santé publique (RCRSP), de téléconférences et du Web.
  • Améliorer les relations entre les laboratoires et la santé publique en ce qui concerne le CoV-SRMO pour améliorer la capacité à repérer les cas et les concentrations de cas.
  • Mener des investigations sur la grappe et l'éclosion afin de caractériser de façon plus systémique les paramètres épidémiologiques et cliniques, y compris les facteurs de risque et leurs mesures d'atténuation.
  • Déterminer le spectre clinique de la maladie et la mortalité et cerner les groupes plus susceptibles de développer une infection et les cas sévères.
  • Déterminer la personne, le lieu et le moment et, si possible, évaluer la période d'incubation, l'intervalle entre deux cas d'une série, la période infectieuse (le début, la pointe et la fin) et les échantillons du virus détecté, y compris le moment optimal.
  • Mobiliser les ressources pour aider à réaliser les investigations.
  • Surveiller les éclosions dans les établissements de soins actifs pour déterminer l'infectiosité et la gravité du virus.
  • Redéfinir les définitions de cas, les lignes directrices en matière de surveillance et les exigences en matière de déclaration, ainsi que les formulaires de suivi des contacts, au besoin.
Transmission étendue du CoV-SRMO chez l'homme

*p. ex. Des éclosions du virus se sont répandues dans de grandes régions géographiques (au-delà de la collectivité).

Cas à l'extérieur du Canada
  • Se préparer à l'arrivée et à la propagation du virus au Canada.
  • Surveiller la maladie à l'extérieur du Canada (examiner les données du pays d'origine).

Cas au Canada

  • Déclaration agrégée des cas à l'échelle nationale
  • Surveiller l'utilisation des services de santé pour déterminer la pathogénicité du virus et les répercussions sur le système de soins de santé et la gravité de la maladie. (p. ex. par l'entremise des réseaux d'hôpitaux : Réseau de surveillance des cas sévères [SOS] du Réseau de recherche sur l'influenza de l'Agence de la santé publique du Canada, des Instituts de recherche en santé du Canada [PCIRN] et IMPACT et des médecins sentinelles pour le syndrome grippal.)
  • Utiliser des réseaux sentinelles pour recueillir et caractériser de façon systématique le virus qui se répand dans la collectivité, repérer les mutations ou l'évolution du virus et surveiller les maladies ayant nécessité une intervention médicale en fonction des principaux paramètres épidémiologiques (âge, comorbidité, etc.), le cas échéant.
  • régions où surviennent les cas d'infection.
  • Mener des études spéciales (p. ex. ménage, transmission au sein d'une collectivité, séroprévalence).
  • Partager de façon bilatérale et en temps opportun les renseignements au moyen notamment d'alertes de santé publique émises par le Réseau canadien de renseignements sur la santé publique (RCRSP), de téléconférences et du Web.

Analyses en laboratoire

Les analyses en laboratoire doivent être réalisées conformément au Protocole d'enquête microbiologique concernant les infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) du Réseau des laboratoires de santé publique du Canada. Suivez les lignes directrices relatives à la prévention et au contrôle des infections lors de la collecte des échantillons respiratoires. Soyez au courant des approches dans votre juridiction.

Une confirmation en laboratoire est obtenue par détection du virus à l'aide (a) d'un TAAN propre au CoV-SRMO, avec, au maximum, deux cibles distinctes ou séquençages; (b) d'une isolation du virus dans une culture de tissusFootnote 3; (c) ou d'analyses sérologiques menées à partir de sérum testé dans un Centre collaborateur de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) dont les méthodes d'analyses sont bien établies. Le Laboratoire national de microbiologie (LNM) est chargé de confirmer en laboratoire les cas de CoV-SRMO au Canada. Les premiers tests de dépistage du CoV-SRMO peuvent être effectués dans certains laboratoires; cependant, ces cas sont considérés comme des cas probables en attente de la confirmation par le LNM. Les laboratoires dont des échantillons se sont révélés positifs (CoV-SRMO) doivent acheminer ces derniers à leur laboratoire de santé publique local. Ce dernier organisera les tests de confirmation au LNM.

Dépistage auprès des contacts : Ce dépistage devait être envisagé en fonction de l'évaluation du risque, en consultation avec la santé publique, les laboratoires de santé publique provinciaux, le médecin traitant et les spécialistes des maladies infectieuses. La méthode d'analyse dépend du contexte clinique.  Les TAAN menés à partir d'échantillons nasopharyngiens ou oropharyngés (les échantillons nasaux ne sont pas acceptables) devraient être considérés comme la méthode principale de dépistage d'infections aiguës ou asymptomatiques afin de faciliter la gestion clinique ou les décisions en matière de contrôle des infections. La sérologie peut être utilisée pour la détection de cas à des fins épidémiologiques, mais doit être menée à l'aide de méthodes adéquatement validées, qui existent actuellement uniquement dans certains centres collaborateurs de l'OMS.

Tests menés auprès de patients présentant des symptômes : chez ces personnes, il est fortement recommandé d'effectuer un écouvillonnage du nasopharynx et de prélever un échantillon provenant des voies respiratoires inférieures, comme les expectorations, un aspirat endotrachéal ou un prélèvement par lavage bronchoalvéolaire, lorsque cela est possible, en se servant de l'équipement de protection individuelle (EPI) utilisé pour les procédures pouvant générer des aérosols, comme cela est décrit dans les Directives provisoires concernant la prévention et le contrôle des infections par le CoV-SRMO dans les milieux de soins de courte durée. (Remarque : Certains laboratoires de virologie n'ont peut-être pas de protocoles d'identification de virus à partir d'expectorations. Discutez des types de prélèvements avec votre laboratoire local).  Si un échantillon provenant des voies respiratoires inférieures n'est pas accessible, des échantillons des voies respiratoires supérieures, y compris des échantillons nasopharyngiens (et non d'écouvillonnage nasal) ou oropharyngés, devraient être recueillis en se servant de l'EPI approprié et en prenant les précautions de base contre la transmission par contact et par gouttelettes. Les deux échantillons peuvent être regroupés dans un seul contenant pour prélèvements et testés ensemble. Pour les patients pédiatriques, un aspirat rhinopharyngé est un remplacement adéquat de l'écouvillonnage du nasopharynx.

Pour les patients chez qui le degré de suspicion de CoV-SRMO est élevé, un résultat négatif aux analyses initiales menées à partir d'écouvillonnages du nasopharynx ou de l'oropharynx ne permet pas d'écarter la possibilité d'une infection; chez ces patients, un nouveau test doit être effectué à partir d'un prélèvement provenant des voies respiratoires inférieures. Pour les patients chez lesquels il n'est pas possible d'effectuer un prélèvement adéquat à partir des voies respiratoires inférieures, les chercheurs devraient envisager de prélever de nouveaux échantillons nasopharyngiens ou oropharyngés ou encore, par expectoration induite. Dans certains cas, les résultats initiaux peuvent ne pas être concluants et d'autres analyses épidémiologiques et de laboratoire devraient être menées.

Bien que d'autres types d'échantillons, notamment, de sang, de selles et d'urine aient parfois été utilisés dans la détection de nouveaux virus respiratoires, comme le CoV-SRMO et certains virus de la grippe aviaire, les échantillons provenant des voies respiratoires demeurent la cible principale aux fins de diagnostic clinique.  D'autres échantillons peuvent être envisagés au cas par cas ou dans le cadre d'enquêtes spéciales. (http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/MERS_CoV_investigation_guideline_Jul13.pdf)

Des analyses sérologiques peuvent être utiles dans les enquêtes épidémiologiques et les analyses de risque à l'échelle de la population.  Bien qu'un diagnostic sérologique soit considéré comme un diagnostic de confirmation par l'OMS et qu'il puisse être utilisé pour la détection de cas lorsque d'autres diagnostics de laboratoire ne sont pas possibles, le Canada ne dispose pas actuellement d'épreuve de confirmation sérologique validée ou adéquatement contrôlée.  La sérologie n'est pas recommandée comme méthode de confirmation, sauf si celle-ci peut être confirmée par un centre collaborateur de l'OMS a l'aide de méthodes d'analyse éprouvées.

Les autres analyses en laboratoire doivent être effectuées conformément aux directives locales de diagnostic et de prise en charge des cas de pneumonie communautaire, y compris les autres étiologies potentiellement plus probables. Les autres étiologies comprennent, par exemple, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae de type B, Legionella pneumophila, d'autres pneumonies reconnues comme étant principalement bactériennes, la grippe et d'autres virus respiratoires. Comme l'a démontré un cas d'infection double par un virus de la grippe et le CoV-SRMO, la co-infection n'est pas impossible. L'identification d'un agent causal ne devrait pas exclure le CoV-SRMO en présence d'un degré de suspicion possiblement élevé.

Sommaire et analyse des risques

Une analyse descriptive des cas devrait être effectuée en fonction de la personne, du lieu et du moment. Pour ce qui est des investigations permettant de déceler des cas multiples, il faut fournir, sous forme de graphiques ou de tableaux, des descriptions des cas selon la date d'apparition (c.-à-d. la courbe épidémique), l'emplacement géographique (p. ex. des cartes), du lien (c.-à-d. la transmission ou les arbres généalogiques) et les caractéristiques démographiques (p. ex. répartition en fonction de l'âge et du sexe).

Les principaux paramètres épidémiologiques (p. ex. estimation de la période d'incubation, intervalle entre deux cas d'une série, période et pics infectieux , description des modes et des voies de transmission, taux d'attaque [par âge, occupation et antécédents d'exposition], facteurs de risque de l'infection et cas graves, etc.) et cliniques (spectre de la maladie, gravité, type d'échantillon idéal, nombre de cas atteints de pneumonie, qui doivent être hospitalisés ou recevoir des soins intensifs ou qui sont décédés) devraient être décrits pour améliorer la compréhension du spectre et de la dynamique de la maladie associée à l'infection par le CoV-SRMO.

Études et investigations particulières

L'OMS a élaboré une étude cas/témoins pour évaluer les facteurs de risque potentiels liés à la maladie humaine causée par le CoV-SRMO. L'étude en question se  trouve sur leur site Web sur le coronavirusLien externe.

Il est également possible de trouver des protocoles utiles sur le site Web du Consortium pour la normalisation de la grippe Séroépidémiologie (CONCISE).

Il faudrait également mener des enquêtes spéciales qui peuvent améliorer ou, de façon plus systématique et efficace, approfondir le sommaire et l'analyse des risques ci-dessus. Ces enquêtes spéciales peuvent être effectuées à divers paliers de compétence (local à national) selon les besoins et la capacité des ressources.

Contrôle des infections

Le site Web de l'Agence de la santé publique du Canada présente les recommandations quant aux mesures de prévention et de contrôle des infections à prendre pour tout patient présentant une infection ou une co-infection suspecte ou confirmée par le CoV-SRMO dans un établissement de soins actifs. Ces lignes directrices seront mises à jour à mesure que de nouveaux renseignements sont disponibles.

Présentation des résultats

Déclaration des cas

Les provinces et les territoires doivent signaler à la Section de l'influenza et autres maladies respiratoires infectieuses de l'Agence de la santé publique du Canada tous les cas confirmés ou probables d'infection par le CoV-SRMO dans les 24 heures suivant la déclaration territoriale ou provinciale.

Les provinces et les territoires doivent utiliser le Formulaire de déclaration des cas d'agents pathogènes respiratoires émergents et les infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) qui se trouve sur le site Web de l'Agence de la santé publique du Canada ou un formulaire équivalent contenant les mêmes champs de données. Les éléments de données prioritaires décrits dans l'encadré 1 doivent être soumis dans un délai de 24 heures.

Les formulaires dûment remplis peuvent être envoyés par télécopieur (à l'exception de la première page) au 1-800-332-5584, et un avis par courriel (sans le formulaire en pièce jointe) devrait être envoyé à l'adresse HSFLUEPI@phac-aspc.gc.ca. Par ailleurs, les provinces et les territoires peuvent choisir de soumettre les éléments de données en utilisant les méthodes de déclaration habituelles (p.ex. par l'entremise du système d'information sur les maladies à déclaration obligatoire [Reportable Diseases Information System] intégré).

Pour obtenir des réponses à vos questions après les heures normales d'ouverture (de 8 h à 17 h HNE), veuillez communiquer avec le médecin hygiéniste de l'Agence de la santé publique du Canada en composant le 613-952-7940.

Les autorités provinciales et territoriales de santé publique et les laboratoires doivent suivre le processus indiqué à la figure 1 aux fins de déclaration d'un cas.

Figure 1. Processus à suivre pour la déclaration des cas d'agents pathogènes respiratoires émergents aux autorités de santé publique nationales et internationales

Figure 1. Processus à suivre pour la déclaration des cas d'agents pathogènes respiratoires émergents aux autorités de santé publique nationales et internationales

Équivalent textuel - Figure 1

Présentation des résultats d'une investigation

La présentation hâtive des résultats d'une investigation des cas d'infection par le CoV-SRMO au Canada est fortement encouragée, même avant la fin des analyses. De plus, même les données préliminaires peuvent être déterminantes pour l'évaluation précoce d'une propagation à l'échelle mondiale et une prise de décision éclairée.

Liens utiles

  1. Agence de la santé publique du Canada : http://www.phac-aspc.gc.ca/eri-ire/coronavirus/index-fra.php
  2. Organisation mondiale de la Santé : http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/fr/index.htmlLien externe
  3. Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies : http://www.ecdc.europa.eu/en/healthtopics/coronavirus-infections/whats-new/Pages/whats_new.aspxLien externe
  4. United States Centres for Disease Control and Prevention : http://www.cdc.gov/coronavirus/mers/index.htmlLien externe

Footnote 1
Voir la figure 1 de la page 14 pour connaître le processus de déclaration des cas d'agents pathogènes respiratoires émergents aux autorités de santé publique.
Footnote 2
Un contact étroit est une personne ayant prodigué des soins au patient, y compris à des travailleurs de la santé (à l'exception de ceux qui portent de l'équipement de protection individuelle), les membres de la famille ou les autres personnes soignantes, ou encore une personne qui a eu un contact physique étroit OU qui a séjourné au même endroit (p. ex. qui a vécu ou qui a eu autrement un contact étroit prolongé à une distance de moins de deux mètres) qu'un cas probable ou confirmé alors que ce dernier était malade.
Footnote 3
L'isolation du virus dans les cultures de tissus devrait être effectuée dans un établissement du niveau de biosécurité 3. Le Laboratoire national canadien de microbiologie répond à cette exigence.