En tant que nouvelle agence, l'Agence de santé publique du Canada (ASPC) a été créée le 24 septembre 2004, en vertu d'un décret promulgué en réponse aux préoccupations croissantes relativement à la capacité du système de santé publique du Canada de planifier et de réagir efficacement aux menaces à la santé publique. La création de l'Agence est le résultat d'une vaste consultation avec les provinces, les territoires, des intervenants et l'ensemble des Canadiens. Elle fait également suite à des recommandations formulées par d'imminents experts en santé publique - notamment celles contenues dans le rapport du Dr David Naylor intitulé Leçons de la crise du SRAS: Renouvellement de la santé publique au Canada et dans d'autres rapports canadiens ou internationaux. Ces recommandations préconisent une prépondérance du gouvernement fédéral dans les questions de santé publique, ainsi qu'une meilleure collaboration dans et entre les différentes juridictions. La Loi sur l’Agence de la santé publique du Canada, sanctionnée le 12 décembre 2006, assure une base statutaire à la nouvelle agence.
L’Agence collabore avec ses partenaires, oriente les interventions fédérales et mobilise les efforts à la grandeur du pays pour prévenir les maladies et les blessures, ainsi que protéger et promouvoir la santé publique au Canada et dans le monde. À cette fin, elle :
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