La viande vendue au détail constitue un type logique d'échantillons à prélever dans le cadre d'une surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans la chaîne alimentaire puisqu'elle est au bout de cette chaîne (autrement dit, le point d'exposition du consommateur avant son entrée à la cuisine). L'objectif de la composante Surveillance des produits vendus au détail du PICRA est d'étudier la RA au sein des bactéries retrouvées dans les aliments vendus au détail. Le cadre de travail de cette surveillance peut être modifié (p. ex., viandes comestibles, bactéries, régions) au besoin et constitue une plateforme de recherche visant à étudier des questions précises touchant à la résistance aux antimicrobiens dans le secteur agroalimentaire.
Chaque unité étudiée est un isolat bactérien provenant d'un des secteurs de production animale d'intérêt, testé pour une sensibilité à un ensemble standard d'antimicrobiens. Les filiales d'intérêt sont la viande crue et les produits de volaille souvent consommés par les Canadiens, le tout reflétant les filiales échantillonnées dans les composantes du PICRA de la surveillance en abattoir et à la ferme, notamment : le poulet (cuisses de poulet ou ailes avec la peau), le porc (coupes d'épaule) et le bœuf (bœuf haché). Pour ce qui est de la viande de bœuf hachée, une sélection systématique des viandes extramaigres, maigres, moyennes et ordinaires a été effectuée pour refléter l'hétérogénéité possible de ce produit en termes de mélange de viande de bœuf d'engraissement et de vache de réforme, ainsi que la teneur en viande domestique versus en viande importée. Par ailleurs, les coupes et les types de viande ont été choisis en fonction de la prévalence élevée des bactéries ciblées et de leur faible coût d'achat (Ravel, 2002).
Les bactéries d'intérêt dans les isolats de poulet sont les espèces Campylobacter, Salmonella et Enterococcus, ainsi qu'E. coli générique. Dans les isolats de porc et de bœuf, seul E. coli générique a été cultivé vu la faible prévalence des espèces Campylobacter et Salmonella dans ces viandes, comme cela avait été constaté pendant les premiers stades du programme de surveillance de la viande vendue au détail.
La population ciblée représente les consommateurs de viande vendue au détail au Canada. La majorité de l'échantillonnage des viandes vendues au détail consiste en des soumissions hebdomadaires d'échantillons provenant de divisions de recensement choisies aléatoirement, pondérées par la population, dans chacune des provinces participantes. En 2005, les données sur la surveillance des produits vendus au détail ont été recueillies au Québec, en Ontario et en Saskatchewan. À l'aide des données de Statistique Canada, de 15 à 18 divisions de recensement ont été choisies dans chaque province, par sélection stratifiée aléatoire. Les strates sont déterminées par la création de quartiles de la population cumulative extraite d'une liste de divisions d'une province, classées par population, par ordre croissant; elles sont résumées ci-dessous :
Au Québec et en Ontario :
| Strate I | Dix divisions choisies avec 2 journées d'échantillonnage par division et par an. |
| Strate II | Quatre divisions choisies avec 5 journées d'échantillonnage par division et par an. |
| Strate III | Deux divisions choisies avec 10 journées d'échantillonnage par division et par an. |
| Strate IV | Une division avec 20 journées d'échantillonnage par an. |
En Saskatchewan :
| Strate I | Neuf divisions choisies avec 2 journées d'échantillonnage par division et par an |
| Strate II | Cinq divisions choisies avec 3 journées d'échantillonnage par division et par an. |
| Strate III | Deux divisions choisies avec 5 journées d'échantillonnage par division et par an. |
| Strate IV | Une division avec 7 journées d'échantillonnage par an. |
Les travailleurs présents sur le terrain au Québec et en Ontario procèdent à une journée d'échantillonnage par semaine. En Saskatchewan, une journée d'échantillonnage est assignée une fois toutes les deux semaines. L'échantillonnage est actuellement moins fréquent en Saskatchewan à cause des restrictions budgétaires actuelles, de la capacité limitée en matière de laboratoire et afin d'éviter le suréchantillonnage dans les magasins. Les échantillons sont prélevés le lundi ou le mardi et sont soumis au LLZOA de Saint-Hyacinthe (Québec) le mercredi. Les échantillons provenant de l'extérieur du Québec y sont envoyés par messagerie dans les 24 heures. Dans chaque province, les échantillons sont prélevés dans deux divisions de recensement lors de chaque journée d'échantillonnage. Dans chaque division de recensement, on choisit un groupe de quatre magasins avant la journée d'échantillonnage, selon le type de magasin. En général, trois magasins d'alimentation à succursales multiples et une épicerie indépendante ou une boucherie sont choisis pour l'échantillonnage. Ce protocole comprend une exception : les divisions urbaines densément peuplées (ex. : Toronto et Montréal) où sont échantillonnés deux magasins d'alimentation à succursales multiples et deux épiceries indépendantes ou boucheries afin de refléter les habitudes perçues comme telles d'approvisionnement dans ces régions. Dans chaque magasin, on recueille un échantillon de chaque type de viande étudiée, ce qui fait un total de 11 échantillons de viande par division, par journée d'échantillonnage. Dans un magasin de chaque division, on ne tient pas compte d'un échantillon de bœuf afin d'éviter autant que possible le suréchantillonnage de ce type de viande.

Dans la mesure du possible, certains magasins d'alimentation bien précis ne sont échantillonnés qu'une fois par année d'échantillonnage. À l'aide d'estimations de la prévalence, les protocoles d'échantillonnage sont optimisés de manière à avoir 100 isolats par secteur de production animale, par province, par an (prévision), plus 20 % pour les échantillons perdus ou endommagés.
Des assistants numériques personnels (PDA) sont utilisés pour noter les données suivantes sur les magasins d'alimentation et les échantillons :

Chaque échantillon est emballé dans un sac à
fermeture par pression et glissière et placé dans une
glacière de 16 litres pour son transport. La
température ambiante permet de déterminer le nombre
de blocs réfrigérants à mettre dans chaque
glacière (p. ex., un bloc réfrigérant pour les
températures inférieures à 20 ºC et
deux blocs pour les températures supérieures ou
égales à 20 ºC).
Des appareils d'enregistrement des données sur la
température (Ertco Data Logger, West Patterson, New Jersey,
États-Unis) servent à surveiller la
température entourant les échantillons; ils sont
placés dans une ou deux glacières par journée
d'échantillonnage.
Le tableau ci'dessous présente les taux de récupération et le nombre d'isolats soumis à des tests de sensibilité aux antimicrobiens pour chaque province où l'échantillonnage des produits vendus au détail a été réalisé en 2005.
| Année | Espèces | Province | E. coli | Salmonella | Esp. Campylobacter | Esp. Enterococcus | ||||
| Taux d'isolement | n | Taux d'isolement | n | Taux d'isolement | n | Taux d'isolement | n | |||
2005 |
Bœufs | Ontario | 81% | 184 | ||||||
| Québec | 56% | 126 | ||||||||
| Saskatchewan | 79% | 119 | ||||||||
| Total | 71% | 429 | ||||||||
| Porcs | Ontario | 59% | 179 | |||||||
| Québec | 26% | 78 | ||||||||
| Saskatchewan | 30% | 48 | ||||||||
| Total | 40% | 305 | ||||||||
| Poulets | Ontario | 95% | 145 | 9% | 26 | 40% | 120 | 99% | 150 | |
| Québec | 95% | 142 | 9% | 26 | 34% | 103 | 100% | 150 | ||
| Saskatchewan | 96% | 81 | 14% | 21 | 37% | 52 | 98% | 80 | ||
| Total | 95% | 368 | 10% | 73 | 37% | 275 | 99% | 380 | ||
Remarque: Les zones ombragées représentent les micro-organismes et les secteurs de production animale pour lesquels aucun résultat sur la résistance aux antimicrobiens n'a été présenté.
En plus des activités régulières de surveillance active des produits vendus au détail du PICRA au Québec, en Ontario et en Saskatchewan susmentionnées, de brefs projets pilotes d'échantillonnage des produits vendus au détail ont été menés dans les provinces Maritimes (Nouveau'Brunswick, Nouvelle'Écosse, Île'du'Prince'Édouard) en 2004 et en 2007, ainsi qu'en Colombie'Britannique en 2005 et en 2006. Un échantillonnage de surveillance des produits vendus au détail plus régulier est prévu et devrait être introduit en Colombie'Britannique en 2007. En plus de son expansion géographique, la composante du PICRA Surveillance des produits vendus au détail continue à servir de plate'forme pour d'autres projets de recherche sur les produits vendus au détail comprenant d'autres filières telles que le veau de lait et l'agneau.
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