Annexe A : Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) 2008 – Méthodes

Annexe A - Méthodes

Classification des antimicrobiens selon leur importance en médecine humaine

La classification des antimicrobiens utilisée dans le présent rapport provient de la classification des antimicrobiens selon de leur importance en médecine humaine par la Direction des médicaments vétérinaires de Santé Canada (tableau A.1)^{Note de bas de page 36}.

Les antimicrobiens sont considérés de « Très haute importance » en médecine humaine (Catégorie I) lorsqu'ils sont essentiels au traitement des infections bactériennes graves et qu'il y a rareté ou absence de médicaments efficaces. Les antimicrobiens de « Haute importance » en médecine humaine (Catégorie II) sont ceux qui peuvent être utilisés dans le traitement de diverses infections, comme les infections graves pour lesquelles des antimicrobiens de remplacement sont généralement disponibles. Les bactéries résistantes aux antimicrobiens de cette catégorie sont généralement sensibles à ceux de la Catégorie I, lesquels peuvent servir d'antimicrobiens de remplacement. Les antimicrobiens d'« Importance moyenne » (Catégorie III) sont utilisés dans le traitement des infections bactériennes pour lesquelles des médicaments de remplacement sont généralement disponibles. Les infections causées par des bactéries résistantes à ces médicaments peuvent, en général, être traitées par des antimicrobiens de la Catégorie II ou de la Catégorie I. Les antimicrobiens de « Faible importance » en médecine humaine (Catégorie IV) ne sont pas utilisés actuellement en médecine humaine.

Résistance aux antimicrobiens

Plan d'échantillonnage et collecte de données

Surveillance des isolats cliniques humains

La composante sur la Surveillance des isolats cliniques humains du PICRA a pour objectif de fournir une démarche représentative et dont les méthodes sont uniformisées en vue d'effectuer le suivi des variations temporelles de l'apparition de la résistance aux antimicrobiens parmi les isolats humains de Salmonella.

Au Canada, les laboratoires cliniques hospitaliers et privés effectuent habituellement la mise en culture des isolats humains de Salmonella. Bien que les cas de maladies à déclaration obligatoire doivent être rapportés, dans le cadre du Système national des maladies à déclaration obligatoire (SNMDO), l'acheminement des isolats de Salmonella au laboratoire de référence provincial est facultatif et de nature passive. Un pourcentage élevé (84 % en 2001)^{Note de bas de page 37} des isolats de Salmonella est acheminé aux laboratoires provinciaux de santé publique (LPSP), mais ce pourcentage peut varier selon les laboratoires. Le Yukon, les Territoires du Nord-Ouest et le Nunavut, qui n'ont pas de LPSP, ont également expédié des isolats à l'un des LPSP.

Avant 2002, les LPSP ont acheminé un certain nombre d'isolats de Salmonella au Laboratoire national de microbiologie (LNM) de l'Agence de la santé publique du Canada (ASPC) à Winnipeg, au Manitoba, pour des tests de confirmation et de caractérisation des sous-types. Un accord, en vertu duquel les provinces s'engageaient à acheminer au PICRA tous leurs isolats de Salmonella (ou un sous-groupe), a été conclu en 2002 entre les LPSP, le LNM, le Laboratoire de lutte contre les zoonoses d'origine alimentaire (LLZOA) et le Centre des maladies infectieuses d'origine alimentaire, environnementale et zoonotique de l'ASPC. Cet accord a coïncidé avec le lancement de la composante Surveillance des isolats cliniques humains du PICRA.

Afin d'assurer la validité statistique du programme d'échantillonnage, tous les isolats humains de Salmonella (liés ou non à une éclosion) reçus de manière passive de la part des LPSP de la Saskatchewan, du Manitoba, du Nouveau-Brunswick, de la Nouvelle-Écosse, de l'Île-du-Prince-Édouard et de Terre-Neuve-et-Labrador ont été envoyés au LNM. Dans les provinces plus peuplées (Colombie-Britannique, Alberta, Ontario et Québec), les LPSP envoyaient uniquement les isolats reçus entre le 1er et le 15e jour de chaque mois. Tous les isolats humains de S. Newport et de S. Typhi ont cependant été acheminés au LNM en raison des craintes de multirésistance dans le premier cas et de l'importance clinique de la bactérie dans le second cas.

On a également demandé aux LPSP de chaque province de fournir des données précises sur chaque isolat envoyé, à savoir le nom du sérotype, la date de prélèvement, l'identification de l'éclosion (le cas échéant), l'âge du patient, son sexe et sa province de résidence. Les renseignements sur les voyages antérieurs, l'emploi d'antimicrobiens, les informations sur l'hospitalisation au moment du prélèvement des échantillons et la date de survenue de la maladie étaient facultatifs et n'ont généralement pas pu être fournis au LNM en 2008. Bien que les LPSP aient détecté de nombreuses éclosions avant que les isolats aient été soumis, certaines éclosions ont été repérées uniquement après l'envoi des isolats au LNM. En 2008, les isolats soumis au LNM n'étaient pas accompagnés de renseignements relatifs à l'identification de l'éclosion.

Surveillance à la ferme

La composante Surveillance à la ferme du PICRA a notamment pour objectif de fournir des données sur l'utilisation des antimicrobiens (Utilisation des antimicrobiens, annexe A) et sur la résistance à ces derniers. Elle vise également à effectuer le suivi des variations temporelles dans l'apparition de la résistance aux antimicrobiens et d'étudier les liens entre l'utilisation des antimicrobiens et la résistance chez les porcs en croissance-finition en vue d'évaluer les risques pour la santé humaine qui y sont associés.

La Surveillance à la ferme est la plus récente composante du PICRA et elle complète la Surveillance en abattoir et la Surveillance de la viande vendue au détail. La démarche s'articule autour d'un réseau de fermes sentinelles qui permet de recueillir des données sur l'utilisation des antimicrobiens ainsi que des échantillons de matière fécale, qui sont prélevés à des fins d'isolement bactérien et sur lesquels sont effectués des tests de sensibilité aux antimicrobiens. Le projet est administré et coordonné par le LLZOA.

La composante Surveillance à la ferme du PICRA a été mise en place en 2006 auprès de troupeaux porcins répartis dans les 5 grandes régions productrices de porcs au Canada (Alberta, Saskatchewan, Manitoba, Ontario et Québec). La production porcine a été choisie pour piloter la mise en place de l'infrastructure de surveillance, en raison d'une part de son programme de salubrité à la ferme, l'AQC^MD (Assurance qualité canadienne), auquel adhèrent une très grande partie des producteurs et, d'autre part, parce qu'il n'y a pas eu récemment de flambée de maladie animale exotique chez les porcs au pays.

La composante Surveillance à la ferme est axée sur les porcs en croissance-finition. Cette étape de la production a été choisie parce qu'il s'agit de celle qui est le plus près du consommateur.

Vingt-trois vétérinaires ont participé au programme dans tout le pays et 96 troupeaux sentinelles de porcs en croissance-finition y étaient inscrits. Dans chacune des 5 provinces participantes, le nombre de sites sentinelles, dans le cadre du PICRA, est proportionnel au nombre d'entreprises de croissance/finition dans la province par rapport à l'ensemble du pays, à l'exception de l'Alberta et de la Saskatchewan, où 10 troupeaux sentinelles ont été ajoutés grâce au soutien financier et aux ressources de laboratoire fournies par l'Alberta Agriculture et Rural Development (AARD). L'AARD a en outre effectué les tests en laboratoire pour tous les échantillons prélevés auprès des troupeaux sentinelles du PICRA de la province.

Afin d'assurer l'anonymat des producteurs participants, le prélèvement des échantillons et la collecte de données sont effectués par les vétérinaires consultants qui les transmettent à l'ASPC sous forme dépersonnalisée. Dans le cas des troupeaux appartenant à des intégrateurs, 2 vétérinaires superviseurs privés veillent à la confidentialité des données en conservant la clé des codes de ces troupeaux. Cette disposition a été prise, car en ayant accès au nom du vétérinaire qui travaille pour un intégrateur, on peut savoir de quelle entreprise il s'agit, ce qui briserait l'anonymat.

Les vétérinaires sont sélectionnés à dessein, à partir de la liste des vétérinaires pratiquant la médecine porcine dans chacune des provinces. Chaque vétérinaire choisit un nombre préétabli de sites sentinelles en se basant sur les critères d'admissibilité et d'exclusion du programme. Pour être admissible, l'exploitation inscrite doit être accréditée en vertu du programme AQC^MD, produire plus de 2000 porcs de marché par année et être représentative de la répartition démographique (c.-à-d. volumes de production et systèmes de production analogues) et géographique des troupeaux clients du vétérinaire participant. Ne sont pas admissibles les troupeaux élevés selon des pratiques d'élevage considérées comme biologiques, les troupeaux qui consomment des matières résiduelles comestibles ou ceux qui sont élevés en pâturage. L'application de ces critères permet de s'assurer que les troupeaux inscrits sont représentatifs de l'ensemble des troupeaux de porcs en croissance-finition au Canada.

Des échantillons composites de matière fécale ont été prélevés 3 fois par année dans des enclos de porcs en fin de lot (FDL) (c.-à-d. pesant plus que 175 lb; figure A.1). Dans un sous-groupe de ces troupeaux, des échantillons ont été prélevés à 2 reprises auprès de certains porcs qui formaient le troupeau-cohorte. Les prélèvements avaient lieu, une première fois, dans les 6 heures suivant l'arrivée des porcs dans l'unité de croissance-finition et une seconde fois en fin de lot.

Les données sur la résistance aux antimicrobiens des isolats bactériens détectés dans des échantillons composites de matière fécale auprès des porcs en fin de lot sont présentées dans ce rapport. Par contre, les données analogues correspondant aux échantillons composites de matière fécale prélevés au moment de l'arrivée des porcs dans les unités de croissance-finition ne sont pas présentées ici, mais elles peuvent être fournies sur demande. De plus, les estimations de la prévalence générale, calculées à partir des données sur les échantillons prélevés à l'arrivée des porcs et en fin de lot, ne sont pas présentées dans ce rapport.

Figure A.1 - Cliquez pour agrandir

Surveillance en abattoir

La composante Surveillance en abattoir du PICRA a pour objectif de fournir des données annuelles valides et représentatives à l'échelle nationale sur la résistance aux antimicrobiens des isolats bactériens détectés chez les animaux au moment où ils sont introduits dans la chaîne alimentaire. Ce volet vise également à effectuer le suivi des variations temporelles de l'apparition de la résistance aux antimicrobiens chez ces bactéries. Initialement, la composante ciblait les bactéries Escherichia coli générique et Salmonella provenant de bovins de boucherie, de porcs et de poulets à griller. Elle a été modifiée en 2003 afin d'interrompre la détection de Salmonella dans les échantillons provenant de bovins de boucherie, en raison de la faible prévalence de cette bactérie au sein de cette population. D'autres changements par la suite ont mené à l'introduction de la surveillance de Campylobacter auprès des bovins de boucherie, à la fin de 2005.

Dans le cadre de la Surveillance en abattoir, c'est l'isolat bactérien qui constitue l'unité d'intérêt. Les bactéries d'intérêt sont isolées à partir du contenu caecal (et non des carcasses) des animaux abattus. On procède ainsi afin d'éviter les problèmes d'interprétation liés à la contamination croisée des carcasses et en vue d'obtenir des résultats plus représentatifs de la résistance aux antimicrobiens qu'on retrouve sur l'exploitation d'où proviennent les animaux.

La méthode d'échantillonnage utilisée a été mise au point en tenant compte du fait que, dans tout le Canada, on comptait prélever 150 isolats de chaque espèce bactérienne ciblée auprès de chacune des 3 espèces animales visées, au cours d'une période de 12 mois. On souhaitait ainsi éviter les résultats biaisés en raison des variations saisonnières de la prévalence bactérienne et des tests de sensibilité aux antimicrobiens. Cet objectif fait exception toutefois dans le cas des isolats de Campylobacter provenant de bovins de boucherie, pour lesquels on a estimé qu'on prélèverait 100 isolats durant la même période. Ces nombres sont en fait un compromis entre une précision statistique acceptable et des coûts abordables (Ravel, 2001). Le nombre réel d'échantillons à prélever dépend de chaque espèce animale, selon la prévalence prévue des bactéries caecales pour le secteur de production animale visé. Ainsi, lorsque la prévalence prévue de la bactérie dans la population est de 10 %, 1500 échantillons doivent être recueillis pour isolement bactérien.

Le plan d'échantillonnage a été effectué en 2 étapes, chaque secteur de production animale ayant été traité séparément. La première étape consiste en une sélection aléatoire des abattoirs inspectés par le fédéral. La probabilité qu'un abattoir soit sélectionné est proportionnelle à son volume d'abattage annuel. Les abattoirs inspectés par le fédéral abattent plus de 90 % de tous les animaux destinés à l'alimentation humaine au Canada^{Note de bas de page 38} . La seconde étape consiste en une sélection systématique des animaux sur la chaîne d'abattage, le nombre annuel d'échantillons cæcaux recueillis dans chaque abattoir étant proportionnel au volume d'abattage.

Afin de réduire le plus possible les coûts d'expédition des échantillons et de permettre à chaque abattoir de demeurer efficace, le nombre annuel total d'échantillons à recueillir dans chaque abattoir est divisé par 5, ce qui donne le nombre de périodes d'échantillonnage. Pour chaque période d'échantillonnage, les 5 échantillons cæcaux sont prélevés au cours d'une période de 5 jours, selon les disponibilités de l'abattoir, à la condition que les 5 animaux et les échantillons correspondants proviennent de lots différents. L'échantillonnage de lots différents est important afin d'assurer la diversité des sources et d'éviter les résultats biaisés liés à une surreprésentation de certains producteurs. Les périodes d'échantillonnage sont uniformément réparties durant l'année; c'est pourquoi chaque abattoir a son propre calendrier d'échantillonnage pour le prélèvement des échantillons cæcaux. La répartition uniforme des périodes d'échantillonnage permet d'éviter tout biais qui pourrait être associé à la variation saisonnière de la prévalence bactérienne et aux résultats des tests de sensibilité aux antimicrobiens.

Quarante-deux abattoirs inspectés par les autorités fédérales (24 abattoirs de volaille, 12 abattoirs de porcs et 6 abattoirs de bovins) dans tout le Canada ont participé à la Surveillance en abattoir du PICRA en 2008. Dans le cas des porcs et des poulets, le nombre d'échantillons prélevés était basé sur l'obtention prévue des 150 isolats de Salmonella et des 150 isolats d'E. coli générique, ainsi que sur la prévalence prévue de Salmonella et d'E. coli générique dans chaque secteur de production animale. Dans le cas des bovins de boucherie, le nombre d'échantillons recueillis était basé sur l'obtention de 100 isolats de Campylobacter et de 150 isolats d'E. coli, ainsi que sur la prévalence prévue de Campylobacter et d'E. coli chez les bovins de boucherie. Les échantillons sont prélevés selon un protocole déjà établi, qui a été modifié de manière à tenir compte de la configuration spécifique de chaque chaîne d'abattage des divers abattoirs. Les protocoles ont été conçus de manière à éviter tout conflit avec les méthodes courantes d'inspection des carcasses, avec les pratiques de chaque établissement en lien avec le Programme d'amélioration de la salubrité des aliments et avec les exigences en matière de santé et de sécurité. Les protocoles permettent par ailleurs d'éviter les risques de contamination croisée. Les échantillons sont prélevés par le personnel de l'établissement, sous la supervision du vétérinaire responsable de l'Agence canadienne d'inspection des aliments (ACIA).

Surveillance de la viande vendue au détail

La composante Surveillance de la viande vendue au détail du PICRA a pour objectif de fournir des données sur la résistance aux antimicrobiens. Elle vise aussi à effectuer le suivi des variations temporelles de l'apparition de la résistance aux antimicrobiens auprès de bactéries sélectionnées observées dans la viande crue à l'échelle provinciale ou régionale. La surveillance de la viande vendue au détail permet en outre de mesurer l'exposition humaine aux bactéries résistantes aux antimicrobiens, associée à la consommation de viandes insuffisamment cuites. L'échantillonnage de la viande vendue au détail représente un maillon logique de la surveillance de la résistance antimicrobienne puisqu'il s'agit de l'étape finale de la production animale. L'objet de la surveillance peut être modifié au besoin (on peut changer le type d'aliments, les bactéries ou les régions à l'étude) et la surveillance peut servir de plate-forme de recherche sur des questions précises liées à la résistance antimicrobienne au sein du secteur agroalimentaire.

Comme pour la composante Surveillance en abattoir, c'est l'isolat bactérien provenant de l'un des types de viande ciblée qui constitue l'unité d'intérêt de cette composante. Dans ce cas, il s'agit de produits de viande crue de consommation courante au Canada, provenant des 3 espèces animales ayant fait l'objet d'échantillonnage dans le cadre de la composante Surveillance en abattoir, soit la volaille (cuisses ou ailes de poulet avec la peau)^{Note de bas de page 39}, le porc (côtelettes) et le bœuf (bœuf haché).

Dans le cas du bœuf haché, seule la viande maigre a été échantillonnée au cours de la première année du programme de surveillance (2003). En 2004, toutefois, la portée du programme a été élargie et une sélection systématique de bœuf haché extra-maigre, maigre, mi-maigre et ordinaire a été échantillonnée. Ce changement a été apporté afin de refléter l'hétérogénéité de ce produit en ce qui a trait à son origine (teneur en viande d'origine canadienne comparativement à la viande importée ou viande de bovin de boucherie comparativement à la viande provenant des vaches de réforme). Les coupes « cuisses ou ailes avec la peau », « côtelettes » et « bœuf haché » ont aussi été choisies en fonction de la prévalence élevée des bactéries cibles qui s'y trouvent et de leur faible coût d'achat (Ravel, 2002).

Dans la volaille, les bactéries d'intérêt sont Campylobacter, Salmonella, Enterococcus et E. coli générique. Dans la viande de porc, des isolats de Salmonella et d'E. coli ont été mis en culture, mais seuls les isolats d'E. coli ont fait l'objet de tests de sensibilités aux antimicrobiens. L'isolement de Salmonella a été effectué pour les échantillons de viande de porc, mais surtout en vue d'obtenir une estimation de la prévalence de la bactérie dans ce type de viande pour d'autres programmes de l'ASPC. Étant donné que la prévalence de Salmonella dans la viande de porc est faible, les résultats des tests de sensibilité aux antimicrobiens ont été regroupés au lieu d'être présentés de manière distincte pour chaque année. Dans le cas de la viande porc, l'isolement de Campylobacter n'a pas été effectué en raison de la faible prévalence observée au cours des premières phases de la Surveillance de la viande vendue au détail. Dans le cas du bœuf, seuls les isolats d'E. coli ont été mis en culture puis soumis à des tests de sensibilité aux antimicrobiens, compte tenu de la faible prévalence de Campylobacter et de Salmonella dans ce type de viande, au détail, observée au cours des premières phases du programme. Finalement, la présence d'Enterococcus dans la viande de bœuf et de porc n'a pas été évaluée en raison du manque de ressources et de contraintes budgétaires.

Le protocole d'échantillonnage a été conçu pour évaluer la résistance antimicrobienne de certaines bactéries qui contaminent la viande au détail et auxquelles les consommateurs canadiens pourraient être exposés. Des échantillons de viande vendue au détail sont prélevés chaque semaine dans des régions (c.-à-d. des divisions de recensement définies par Statistique Canada) choisies selon un processus de sélection aléatoire, et pondéré selon le poids démographique de la région dans chacune des provinces participantes. En 2008, les données de surveillance ont été recueillies en Colombie-Britannique, en Saskatchewan, en Ontario, au Québec et dans la région des Maritimes (Nouvelle-Écosse, Nouveau-Brunswick et Île-du-Prince-Édouard). Les données de Statistique Canada ont été utilisées pour établir les strates. Des quartiles (ou tierciles) de la population totale de la province ont été créés à partir d'une liste des divisions de recensement par province, classifiées en ordre croissant de population. Entre 15 et 18 divisions de recensement par province ont ensuite été choisies par sélection stratifiée aléatoire et pondérées selon le poids démographique de chacune des strates. Le nombre de journées d'échantillonnage attribuées à chacune des strates a également été pondéré selon le poids démographique et le résultat est résumé ci-dessous :

En Ontario et au Québec

• Strate 1 - Dix divisions choisies avec 2 journées d'échantillonnage par division et par an
• Strate 2 - Quatre divisions choisies avec 5 journées d'échantillonnage par division et par an
• Strate 3 - Deux divisions choisies avec 10 journées d'échantillonnage par division et par an
• Strate 4 - Une division avec 20 journées d'échantillonnage par an

En Saskatchewan

• Strate 1 - Neuf divisions choisies avec 2 journées d'échantillonnage par division et par an
• Strate 2 - Cinq divisions choisies avec 3 journées d'échantillonnage par division et par an
• Strate 3 - Deux divisions choisies avec 5 journées d'échantillonnage par division et par an
• Strate 4 - Une division choisie avec 7 journées d'échantillonnage par an

En Colombie-Britannique

Strate 1 - Dix divisions choisies avec 1 journée d'échantillonnage par division et par an

Strate 2 - Quatre divisions choisies avec 3 journées d'échantillonnage par division et par an

Strate 3 - Une division choisie avec 20 journées d'échantillonnage par division par an.

Dans les provinces Maritimes

Pour les 3 provinces Maritimes, les résultats sont regroupés et présentés à l'échelle de la région. Cependant, les activités d'échantillonnage de cette région ont été proportionnelles au poids démographique de chacune des provinces, tel que décrit ci-dessous. Par ailleurs, comme dans le cas des autres provinces qui ont fait l'objet d'échantillonnages dans le cadre de la Surveillance de la viande vendue au détail, l'échantillonnage dans chaque province a été effectué proportionnellement au poids démographique des sous-populations de la division du recensement, tel que résumé ci-dessous :

Nouvelle-Écosse

• Strate 1 - Cinq divisions choisies avec 1 journée d'échantillonnage par division et par an (en moyenne)
• Strate 2 - Quatre divisions choisies avec 2 journées d'échantillonnages par division et par an
• Strate 3 - Une division choisie avec 10 journées d'échantillonnages par division et par an

Nouveau-Brunswick

• Strate 1 - Cinq divisions choisies avec 1 journée d'échantillonnage par division et par an (en moyenne)
• Strate 2 - Quatre divisions choisies avec 2 journées d'échantillonnages par division et par an
• Strate 3 - Deux divisions choisies avec 4 journées d'échantillonnages par division et par an (en moyenne)

Île-du-Prince-Édouard

• Strate 1 - Une division choisie avec 1 journée d'échantillonnage par an
• Strate 2 - Une division choisie avec 2 journées d'échantillonnage par an.

En Ontario et au Québec, on a prélevé les échantillons une fois par semaine, alors que les prélèvements ont eu lieu aux 2 semaines en Colombie-Britannique, en Saskatchewan et dans la région des Maritimes. L'échantillonnage a été moins fréquent en Colombie-Britannique, en Saskatchewan et dans la région des Maritimes en raison des contraintes budgétaires, de la capacité limitée des laboratoires et afin d'éviter le suréchantillonnage dans certains points de vente au détail. Les échantillons ont été prélevés le lundi ou le mardi et ont été acheminés au LLZOA de Saint-Hyacinthe au Québec (LLZOA-Saint-Hyacinthe), pour au plus tard le mercredi. Les échantillons provenant de l'extérieur du Québec (à l'exception des échantillons provenant de la région des Maritimes) ont été envoyés au même laboratoire par messagerie, dans les 24 heures. Pour toute la région des Maritimes, les échantillons ont été prélevés le lundi ou mardi et ils ont été expédiés au laboratoire de l'Île-du-Prince-Édouard dans les 24 heures suivantes.

Dans chaque province, les échantillons ont été prélevés dans 2 divisions de recensement à chaque semaine d'échantillonnage. Dans chaque division de recensement, 4 magasins ont été choisis avant la journée d'échantillonnage en fonction de leur catégorie. En général, 3 magasins d'alimentation à succursales multiples et 1 épicerie indépendante ou 1 boucherie étaient choisis pour l'échantillonnage.

Une exception a été cependant apportée au protocole. Ainsi, dans les divisions urbaines densément peuplées, comme Toronto et Montréal, on a prélevé des échantillons dans 2 magasins d'alimentation à succursales multiples et 2 épiceries indépendantes ou boucheries, afin de refléter les habitudes présumées d'approvisionnement de ces sous-populations. Dans chaque type de magasin, 1 échantillon de chaque type de viande étudiée a été recueilli, ce qui fait un total de 11 échantillons de viande (4 de poulet, 4 de porc et 3 de bœuf) par division et par journée d'échantillonnage^{Note de bas de page 40} . Dans la mesure du possible, les magasins d'alimentation n'étaient échantillonnés qu'une fois par année d'échantillonnage.

À l'aide d'estimations de la prévalence, les protocoles d'échantillonnage ont été optimisés de manière à obtenir 100 isolats par secteur de production animale, par province, par an (prévision), plus 20 % pour les échantillons perdus ou endommagés. Étant donné que les échantillonnages étaient moins fréquents en Colombie-Britannique, en Saskatchewan et dans la région des Maritimes qu'en Ontario et au Québec, il est possible que l'objectif de prélever 100 isolats par an n'ait pas toujours été atteint dans ces provinces.

En 2008, des assistants numériques personnels (PDS) ont été utilisés pour consigner les données suivantes sur les magasins et les échantillons :

• type de magasin
• nombre de caisses (mesure indirecte du volume de vente du magasin)
• date limite de vente ou date de l'emballage
• étiquette « Peut contenir de la viande déjà congelée » : oui ou non
• transformation finale en magasin - oui, non, ne sait pas
• refroidi à l'air - oui, non, ne sait pas (pour les échantillons de poulet seulement)
• produit biologique - oui, non, ne sait pas
• sans antibiotiques - oui, non, ne sait pas
• prix au kilo.

Chaque échantillon a été emballé dans un sac doté d'une fermeture à glissière et placé dans une glacière de 16 litres pour le transport. La température ambiante a permis de déterminer le nombre de blocs réfrigérants (Ice-packs) à mettre dans chaque glacière (ex. : 1 bloc réfrigérant pour les températures inférieures à 20 °C et 2 blocs pour les températures supérieures ou égales à 20 °C). Des appareils d'enregistrement des données sur la température (Ertco Data Logger^MC, West Patterson, New Jersey, États-Unis) ont été utilisés pour mesurer la température ambiante des échantillons et placés dans 1 ou 2 glacières pour chaque journée d'échantillonnage.

Surveillance des isolats cliniques animaux

La composante Surveillance des isolats cliniques animaux a pour objectif de détecter de nouveaux profils de résistance aux antimicrobiens, des profils émergents ou de nouvelles associations sérotype /profil de résistance aux antimicrobiens associées à Salmonella. Cette composante du PICRA est surtout basée sur des échantillons diagnostiques prélevés par des vétérinaires ou des producteurs. Les méthodes d'échantillonnage varient selon les laboratoires et même au sein de chaque laboratoire. Ces isolats ont été envoyés par les laboratoires provinciaux de santé animale de tout le pays au Laboratoire de typage de Salmonella du LLZOA de Guelph en Ontario (LLZOA-Guelph). Les isolats de Salmonella de la Direction des laboratoires d'expertises du Ministère de l'Agriculture, des Pêcheries et de l'Alimentation du Québec ont été expédiés au Laboratoire d'épidémiosurveillance animale du Québec, à Saint-Hyacinthe, au Québec. Cependant, contrairement à ce qui se fait pour la composante Surveillance des isolats cliniques humains, tous les isolats reçus par les laboratoires provinciaux de santé animale ne sont pas forcément envoyés au LLZOA, à l'exception de ceux de la Colombie-Britannique, de l'Ontario et du Québec. La proportion d'isolats soumis au LLZOA pour chacune des provinces peut donc varier considérablement.

Aliments et ingrédients pour animaux

Les données de la composante Aliments et ingrédients pour animaux du PICRA proviennent de sources variées, dont les programmes de surveillance de l'ACIA et de quelques isolats provenant des autorités provinciales. Seuls les programmes de suivi de l'ACIA ont pu fournir des informations sur les méthodes de prélèvement des échantillons.

L'ACIA prélève des échantillons d'aliments pour le bétail dans le cadre de 2 programmes différents : le programme 15A (Inspection de suivi - Salmonella ) et le programme 15E (Inspection dirigée - Salmonella ). En vertu du programme 15A, des échantillons d'aliments pour le bétail fabriqués dans des meuneries, des usines d'équarrissage, par des fabricants d'ingrédients et dans des moulanges à la ferme sont prélevés et mis en culture en vue de dépister la présence de Salmonella. Bien que ce programme fasse appel à un processus d'échantillonnage aléatoire, une attention particulière est portée aux aliments pour le bétail qui sont susceptibles de présenter un niveau plus élevé de contamination par Salmonella, comme les produits contenant des farines animales, des tourteaux d'oléagineux, de la farine de poisson, des céréales et des aliments sous forme de farine. Le programme 15E vise les aliments et les ingrédients pour le bétail provenant des établissements qui répondent aux critères suivants : (i) établissements qui fabriquent des produits contenant des farines animales, ou d'autres aliments contenant des ingrédients susceptibles d'être contaminés par Salmonella (ex. : les tourteaux d'oléagineux ou la farine de poisson) ou un volume important d'aliments pour les volailles; (ii) établissements réputés pour être fréquemment associés à des contaminations par Salmonella ; ou (iii) établissements associés à la présence d'un sérotype de Salmonella hautement pathogène (ex. : Typhimurium, Enteritidis ou Newport). Le programme 15E est un programme sélectif, c'est-à-dire que les échantillons ne sont pas choisis de manière aléatoire.

Isolement bactérien

Tous les échantillons ont été mis en culture à l'aide des protocoles standards décrits ci-dessous. Dans tous les cas, l'isolement primaire des échantillons humains de Salmonella a été effectué par un laboratoire hospitalier ou des laboratoires cliniques privés dans les différentes provinces. Dans la plupart des cas, l'isolement primaire d'Escherichia coli, de Salmonella, d'Enterococcus et de Campylobacter provenant des échantillons du secteur agro-alimentaire a été effectué par le LLZOA-Saint-Hyacinthe. Une partie de l'isolement primaire dans le cadre de la composante Surveillance à la ferme a été effectuée par le laboratoire agroalimentaire de l'AARD. Des échantillons prélevés dans le cadre de la composante Surveillance des isolats cliniques animaux du PICRA ont été mis en culture par divers laboratoires participants. La majorité de l'isolement primaire des échantillons recueillis dans le cadre de la composante Aliments et ingrédients pour animaux a été effectuée par la Division des services laboratoires de l'ACIA (à Calgary ou à Ottawa).

Salmonella

Surveillance des isolats cliniques humains: Les laboratoires en milieu hospitalier ainsi que les laboratoires cliniques privés ont procédé à l'isolement et à l'identification des bactéries Salmonella provenant d'échantillons humains, conformément à des méthodes reconnues (Kauffman, 1966; Ewing, 1986; Le Minor, 2001; Murray et al., 2005).

Surveillance à la ferme et Surveillance en abattoir: La méthode qui a été utilisée pour l'isolement de Salmonella est une modification de la méthode MFLP-75 du Compendium de méthodes analytiques de la Direction générale de la protection de la santé, ainsi que des Méthodes pour l'analyse microbiologique des aliments du gouvernement du Canada. Cette méthode permet l'isolement des salmonelles mobiles et viables à partir d'échantillons cæcaux de poulets à griller et de porcs. Elle est basée sur la capacité des salmonelles à se multiplier et à se déplacer dans un milieu modifié semi-solide de Rappaport Vassiliadis (MSRV), à une température de 42 °C. Les échantillons de porcs ont été ajoutés à un bouillon non sélectif de préenrichissement en mélangeant 10 g de contenu cæcal à 90 mL d'eau peptonée tamponnée (EPT). De la même façon, le contenu des cæcums de poulets a été pesé et mélangé à de l'EPT dans une proportion de 1:10. Les échantillons de porcs et de poulet ont été incubés à 35°C pendant 24 heures. Puis, on a inoculé 0,1 mL de bouillon préenrichi sur une gélose MSRV, incubée à 42 ^oC, de 24 à 72 heures. On a vérifié ensuite la pureté des colonies suspectes, lesquelles ont été inoculées par la suite sur une gélose inclinée aux 3 sucres et au fer et sur une gélose en pente à l'urée. Les colonies suspectes étaient ensuite soumises au test de l'indole puis vérifiées par agglutination sur lame à l'aide d'antisérum Poly A-1 et de Vi anti-Salmonella.

Surveillance de la viande vendue au détail: Une cuisse de poulet^{Note de bas de page 41} a été placée dans 225 mL d'EPT. Une portion de 150 mL de cette eau de rinçage a été utilisée pour l'isolement de Campylobacter, d'E. coli et d'Enterococcus. Les échantillons de poulet ont été laissés dans le reste de la solution d'EPT de 75 mL puis incubés à 35 ± 1 °C pendant 24 heures. Ensuite, 0,1 mL de la solution de rinçage a été inoculé sur une gélose MSRV qui a ensuite été incubée à 42 ± 1 °C de 24 à 72 heures. La pureté des colonies suspectes a été vérifiée et ces dernières ont été inoculées sur une gélose inclinée aux 3 sucres et au fer et sur une gélose en pente à l'urée. Les colonies suspectes ont ensuite été soumises au test de l'indole puis vérifiées par agglutination sur lame à l'aide l'antisérum Poly A-I et de Vi anti-Salmonella.

Surveillance des isolats cliniques animaux: L'isolement de Salmonella a été effectué par les laboratoires participants à l'aide de leurs méthodes standards, lesquelles varient d'un laboratoire à l'autre. La plupart des méthodes utilisées pour détecter la présence de Salmonella parmi les isolats cliniques animaux sont basées sur des principes similaires et utilisent un bouillon de préenrichissement, un bouillon d'enrichissement sélectif, des géloses différentielles et sélectives et l'isolement bactérien; l'identification des isolats est confirmée à l'aide de tests biochimiques et sérologiques.

Aliments et ingrédients pour animaux: Dans le cadre des deux programmes de l'ACIA (15A et 15E), tous les échantillons ont été prélevés selon des méthodes aseptiques pour être été mis en culture et faire l'objet d'isolement bactérien. L'isolement de Salmonella a été effectué à l'aide d'une gélose MSRV.

Escherichia coli

Surveillance à la ferme: Un aliquot de la solution d'EPT préparée pour l'isolement de Salmonella a été ensemencé sur une gélose MacConkey pour incubation à 35 ± 1 ^oC, de 18 à 24 heures. La pureté des colonies suspectes, capables de fermenter le lactose, a été vérifiée et ces dernières ont été ensuite repiquées sur une gélose Luria-Bertani. Les colonies suspectes d'E. coli ont été soumises au test de l'indole et du citrate de Simmons. Les isolats donnant des résultats négatifs au test de l'indole ont été identifiés au moyen d'une trousse d'identification des bactéries entériques (galerie API^® 20 E, Diagnostiques cliniques de bioMérieux, Marcy l'Étoile, France).

Surveillance en abattoir: La bactérie Escherichia coli générique a été isolée des contenus caecaux de poulets à griller, de porcs et de bovins de boucherie. Dix grammes de chacun des échantillons de contenu caecal ont été mélangés avec 90 mL d'eau peptonée tamponnée (EPT). Un aliquot préparé pour l'isolement de Salmonella a été ensemencé sur une gélose MacConkey incubée à 35 °C pendant 18 à 24 heures. La pureté des colonies suspectes, capables de fermenter le lactose, a été vérifiée et ces dernières ont ensuite été repiquées sur une gélose Luria-Bertani. Les colonies suspectes d'E. coli ont été soumises au test de l'indole et du citrate de Simmons. Les colonies donnant des résultats négatifs au test de l'indole on été identifiées au moyen d'une trousse d'identification des bactéries entériques (galerie API^® 20 E).

Surveillance de la viande vendue au détail: Une cuisse de poulet^{Note de bas de page 41}, 1 côtelette de porc ou 25 g de bœuf haché ont été ajoutés à 225 mL d'EPT. Une portion de 50 mL de cette eau de rinçage a été mélangée avec 50 mL de bouillon EC à double concentration et incubée à 45 ± 1 °C pendant 24 heures. Une ansée du mélange incubé a été prélevée, puis étalée sur une gélose éosine-bleu de méthylène (EMB) et mise en incubation à 35 °C pendant 24 heures. La pureté des colonies suspectes a été vérifiée et ces dernières ont ensuite été transférées sur des géloses de soja trypticase contenant du sang de mouton à 5 %. Les colonies suspectes d'E. coli ont été soumises aux tests de l'indole et du citrate de Simmons. Les colonies donnant des résultats négatifs au test de l'indole ont été identifiées au moyen d'une trousse d'identification bactérienne (galerie API^® 20E).

Campylobacter

Surveillance en abattoir: Pour l'isolement de Campylobacter provenant d'échantillons caecaux de bovins de boucherie, 0,1 mL du mélange d'EPT préparé a été utilisé pour l'isolement d'E. coli. Cette solution a ensuite été transférée dans 9 mL de bouillon HEB (bouillon d'enrichissement de Hunt) et incubée en microaérophilie à 35 ± 1 °C pendant 4 heures. Après cette première incubation, 36 μL de céfopérazone stérile ont été ajoutés au bouillon HEB. Les tubes ont ensuite été incubés en microaérophilie à 42 ± 1 °C pendant 20 à 24 heures. Une ansée de bouillon HEB incubé a ensuite été utilisée pour inoculer une gélose modifiée au charbon, à la céfopérazone et au désoxycholate (mCCDA) puis incubée dans un milieu microaérophile à 42 ± 1 °C pendant 72 heures. Les colonies suspectes ont été repiquées sur une deuxième gélose mCCDA en vue d'obtenir des colonies pures et sur une gélose Mueller Hinton additionnée de sang de mouton à 5 %. Les géloses ont été incubées en microaérophilie à 42 ± 1 °C, de 48 à 72 heures. Les colonies suspectes de Campylobacter ont ensuite été soumises aux tests suivants pour identification du genre et identification biochimique des espèces (C. coli, C. jejuni ou autres Campylobacter spp.) : coloration de Gram, recherche d'une oxydase et d'une catalase, croissance à 25 °C, résistance à la céphalothine, hydrolyse de l'hippurate et de l'acétate d'indoxyl.

Surveillance de la viande vendue au détail: Une cuisse^{Note de bas de page 41} ou 2 ailes de poulet ont été mélangées à 225 mL d'EPT. On a ensuite mélangé 50 mL de cette eau de rinçage à 50 mL de bouillon Bolton à double concentration et la solution a été incubée en microaérophilie à 42 ± 1°C pendant 48 heures. Une ansée du bouillon incubé a été prélevée et étalée sur une gélose mCCDA et incubée en microaérophilie à 42 ± 1°C pendant 24 heures. Les colonies suspectes ont été repiquées sur une deuxième gélose mCCDA ainsi que sur une gélose Mueller Hinton. Les géloses étaient incubées en microaérophilie à 42 ± 1°C, de 48 à 72 heures. Les colonies suspectes de Campylobacter étaient ensuite soumises aux tests suivants pour identification du genre et identification biochimique des espèces (C. coli, C. jejuni ou autres Campylobacter spp.) : coloration de Gram, recherche d'une oxydase et d'une catalase, croissance à 25 ± 1 °C °C, résistance à la céphalothine, hydrolyse de l'hippurate et de l'acétate d'indoxyle.

Enterococcus

Surveillance à la ferme: Un aliquot de la solution d'EPT préparée pour l'isolement de Salmonella a été ensemencé sur une gélose entérocoques (gélose Enterococcosel^MC, BD, Mississauga, Ont.) et incubé à 35 ± 1 °C pendant 24 heures. La pureté des colonies suspectes a été vérifiée sur une gélose Columbia contenant du sang de mouton à 5 %. Les colonies suspectes d'Enterococcus ont ensuite été étalées sur une gélose Slaneth et Bartley et inoculées dans 3 tubes à base de rouge de phénol contenant respectivement 0,25 % de L-arabinose, 1 % de mannitol et 1 % d'alpha-méthyl-D-glucoside. Les géloses et les tubes ont été incubés à 35°C± 1°C pendant 24 heures.

Surveillance de la viande vendue au détail: Une cuisse^{Note de bas de page 41} ou 2 ailes de poulet ont été placées dans 225 mL d'EPT. On a ensuite mélangé 50 mL de la solution peptonée avec 50 mL de bouillon sélectif à double concentration (Enterococcosel^MD, BD) avant de l'incuber à 35 ± 1 °C pendant 24 heures. Une ansée du bouillon incubé a ensuite été étalée sur une gélose Enterococcosel^MC incubée par la suite à 35 ± 1 °C pendant 24 heures. La pureté des colonies suspectes a été vérifiée sur une gélose Columbia contenant du sang de mouton à 5 %. Les colonies typiques d'Enterococcus ont ensuite été étalées sur une gélose Slaneth et Bartley et inoculées dans 3 tubes à base de rouge de phénol contenant respectivement 0,25 % de L-arabinose, 1 % de mannitol et 1 % d'alpha-méthyl-D-glucoside. Les géloses et les tubes ont été incubés à 35 ± 1 °C pendant 24 heures.

Sérotypage et lysotypage de Salmonella

Surveillance des isolats cliniques humains: De manière générale, les laboratoires cliniques ont acheminé leurs isolats de Salmonella à leur LPSP respectif pour les tests d'identification et de sérotypage. Les LPSP ont par la suite acheminé les isolats de Salmonella au NML selon un protocole pré-établi. Les tests d'identification ont été confirmés par le LNM pour les isolats reçus sans que le sérotype n'ait été caractérisé (Le Minor et Popoff, 2001) ou pour ceux dont les résultats de tests de lysotypage n'étaient pas concluants. Les antigènes O ou somatiques des isolats de Salmonella ont été détectés par agglutination sur lame (Ewing, 1986). Au LNM, les antigènes H ou flagellaires ont été identifiés par agglutination sur lame et par des tests de confirmation d'agglutination en tube.

Tous les isolats de Salmonella Heidelberg, S. Typhimurium, S. Enteritidis, S. Hadar, S. Newport, S. Typhi, S. Paratyphi B, S. Paratyphi B var. L(+) tartrate+, S. Infantis, S. Thompson, S. Oranienburg, S. Panama, S. I 4,[5],12:b:- et S. I 4,[5],12:i:- ont été soumis à des tests de lysotypage en utilisant la technique standard décrite par Anderson et Williams (1956). Les isolats ont été étalés en stries sur des géloses nutritives et incubés à 37°C pendant 18 heures. Une seule colonie lisse a été sélectionnée et utilisée pour inoculer 4,5 mL de bouillon (Difco^MC de Difco Laboratories, Baltimore, MD, pH de 6,8). La colonie a ensuite été incubée de 1,5 à 2 heures, avec agitation dans un bain d'eau à 37 °C jusqu'à ce qu'elle atteigne une turbidité typique d'une croissance bactérienne équivalant à 0,5 Standard McFarland. Les géloses (gélose Difco^MC, Difco Laboratories) ont été rincées avec environ 2 mL de culture et l'excès de liquide a été aspiré à l'aide d'une pipette Pasteur. On a laissé sécher les géloses rincées pendant 15 minutes à la température ambiante, avant d'inoculer environ 20 μL de chaque bactériophage spécifique à un sérotype sur les tapis bactériens, à l'aide d'une méthode d'inoculation multiple par seringue (Farmer et al., 1975). Les géloses ont ensuite été incubées à 37 °C pendant une nuit et les schémas de lysotypie ont été observés le lendemain (Anderson et Williams, 1956).

Pour le lysotypage des souches de Salmonella Enteritidis, on a utilisé des phages provenant de l'International Centre for Enteric Phage Typing (ICEPT), du Laboratoire central de santé publique de Colindale, au Royaume-Uni (Ward et coll., 1987). Le protocole de lysotypage mis au point par Callow (1959), puis perfectionné par Anderson (1964) et Anderson et ses collaborateurs (1977), ainsi que les phages utilisés pour Salmonella Typhimurium ont été fournis par l'ICEPT. Le protocole de lysotypage relatif à S. Heidelberg ainsi que les bactériophages nécessaires ont été fournis par le LNM (Demczuk et coll., 2003). Les isolats qui ont réagi aux bactériophages sans toutefois correspondre à aucun des schémas de lysotypie reconnus ont été classés comme atypiques. Les souches n'ayant pas réagi à aucun des schémas de lysotypie ont été classées comme non typables.

Le Conseil canadien des normes a remis la certification de la norme ISO 17025 aux unités d'identification, de sérotypage et de lysotypage du LNM. Les unités sur l'identification et le sérotypage, sur le lysotypage et sur la résistance antimicrobienne du LNM participent annuellement au réseau mondial de surveillance de Salmonella, au système de contrôle externe de la qualité de l'Organisation mondiale de la santé (EQAS ), au programme de contrôle de Salmonella d'EnterNet (Réseau de surveillance européen des infections gastro-intestinales chez les humains) ainsi qu'à un échange de souches avec le LLZOA (pour Salmonella et Escherichia coli ). De plus, le LNM participe depuis 2002 à la planification stratégique du programme mondial de surveillance de Salmonella (GSS).

Surveillance des isolats du secteur agroalimentaire, des isolats cliniques animaux et des isolats provenant des aliments pour animaux: Le sérotypage des isolats cliniques animaux de Salmonella provenant du Québec a été effectué par le Laboratoire d'épidémiosurveillance animale du Québec, à Saint-Hyacinthe, au Québec; les isolats ont ensuite été envoyés au Laboratoire de typage de SalmonellaNote de bas de page 43 (LTS) pour le lysotypage. Les autres isolats de Salmonella des autres provinces ont été soumis au LTS pour le sérotypage et le lysotypage. Les antigènes O ou somatiques des isolats de Salmonella ont été détectés par agglutination sur lame (Ewing, 1986). Les antigènes H ou flagellaires ont été identifiés au moyen d'une technique de précipitation de plaques de microtitrage en puits (Shipp et Rowe, 1980). Les formules antigéniques des sérotypes de Salmonella par Grimont et Weill (2007) ont été utilisées pour identifier et nommer les sérotypes. La technique standard de lysotypage décrite par Anderson et Williams (1956) a été suivie selon le protocole décrit ci-haut. Pour le lysotypage des isolats de Salmonella Enteritidis, Typhimurium et Heidelberg, les phages utilisés étaient les même que ceux utilisés pour la Surveillance des isolats cliniques humains.

Depuis 1995, le LTS a participé à un échange annuel inter-laboratoires de plaques de sérotypage avec au plus 3 laboratoires. En 2003, le LTS a commencé à participer à des épreuves externes de vérification des performances reliées au lysotypage. Chaque année, le LTS réussit le sérotypage des plaques soumises par le LNM dans le cadre de cette évaluation; ces plaques proviennent du Laboratoire central de santé publique de Colindale, au Royaume-Uni.

Tests de sensibilité aux antimicrobiens

La sensibilité aux antimicrobiens de tous les isolats humains de Salmonella a été évaluée par le LNM. Par ailleurs, tous les isolats provenant du secteur agroalimentaire et des aliments pour animaux ont été analysés par le LLZOA de Guelph. La majorité des isolats d'Enterococcus, de Campylobacter et d'Escherichia coli ont été analysés par le LLZOA de Saint-Hyacinthe. Les isolats d'Escherichia coli prélevés dans le cadre de la Surveillance de la viande vendue au détail à l'Île-du-Prince-Édouard ont été analysés au Collège vétérinaire de l'Atlantique, à l'Université de l'Île-du-Prince-Édouard. Dans la plupart des cas, la sensibilité aux antimicrobiens a été testée pour 1 seul isolat par échantillon positif. Dans le cadre de la Surveillance à la ferme, 3 isolats d'E. coli, 3 isolats d'Enterococcus et 1 isolat de Salmonella par échantillon, ont fait l'objet de tests de sensibilité aux antimicrobiens. Une partie des isolats d'Enterococcus et d'E. coli recueillis dans le cadre de la Surveillance à la ferme, en Alberta et en Saskatchewan, ont été analysés par l'Agri-Food Laboratory Branch (AARD). Le LLZOA de Guelph et celui de Saint-Hyacinthe ainsi que l'AARD et le Collège vétérinaire de l'Atlantique participent à l'évaluation externe des performances relativement aux tests de résistance aux antimicrobiens pour Salmonella, E. coli et Enterococcus. Tout comme le LTS, le laboratoire du LLZOA de Guelph a reçu la certification ISO/IEC 17025 relative aux tests de sensibilité aux antimicrobiens.

Salmonella, Escherichia coli et Enterococcus

La sensibilité aux antimicrobiens de tous les isolats de Salmonella et d'E. coli a été testée à l'aide d'une plaque de 15 antimicrobiens (tableau A.2) et dans le cas des isolats d'Enterococcus, avec une plaque de 17 antimicrobiens (tableau A.3). Les valeurs de CMI pour Salmonella, E. coli et Enterococcus ont été établies par la méthode de microdilution en bouillon (Clinical and Laboratory Standards Institute [CLSI] M7-A7), appliquée à l'aide d'un appareil automatisé (Sensititre^MD Automated Microbiology System, Trek^MD Diagnostic Systems Ltd, West Sussex, Royaume-Uni). Ce système repose sur une technique commercialisée de dilution en bouillon dans des micropuits contenant des antimicrobiens lyophilisés. Les plaques CMV1AGNF (Sensititre^MD, Trek^MD Diagnostic Systems) du National Antimicrobial Resistance Monitoring System ont été utilisées pour E. coli et Salmonella et les plaques CMV2AGPF ont été utilisées pour les entérocoques.

Les isolats ont été étalés en stries sur une gélose Mueller Hinton (ou gélose Columbia avec sang ou gélose Mueller Hinton avec sang) puis incubés en position inversée à 36 ± 1 °C pendant 18 à 24 heures, afin d'isoler des colonies. Une seule colonie prélevée de cette gélose a été repiquée sur une nouvelle gélose nutritive, puis incubée à 36 ± 1°C de 18 à 24 heures. Une suspension de 0,5 McFarland de croissance bactérienne a été préparée à partir de ces colonies dans 5,0 mL d'eau stérile déminéralisée à l'aide d'un vortex. Un volume de 10 μL de la suspension a été mélangé à 10 mL de bouillon Mueller-Hinton, puis mélangé à l'aide d'un vortex. La suspension de bouillon Mueller Hinton a ensuite été versée sur des plaques à raison de 50 μL par puits. Les plaques ont été scellées avec des feuilles de plastique adhésif et incubées pendant 18 heures à 36 ± 1 °C. La détection des souches d'entérocoques potentiellement résistantes à la vancomycine exigeait 6 heures d'incubation supplémentaires, pour une durée totale de 24 heures.

Après incubation, les plaques CMV1AGNF étaient analysées et interprétées à l'aide d'un système automatique de lecture et d'incubation (ARIS^®, Trek^MD Diagnostic Systems Ltd), tandis que les plaques CMV2AGPF étaient examinées visuellement à l'aide du lecteur manuel (Sensititre Sensitouch^MD, Trek^MD Diagnostic Systems). Conformément aux normes établies par le CLSI (CLSI M100-S18), les bactéries Staphylococcus aureus ATCC 29213, Escherichia coli ATCC 25922, Pseudomonas æruginosa ATCC 27853 et Enterococcus fæcalis ATCC 29212 ont été utilisées à des fins de contrôle de la qualité pour garantir la validité et l'intégrité des valeurs des CMI des plaques de tests CMV1AGNF. Staphylococcus aureus ATCC 29213, Escherichia coli ATCC 25922, Enterococcus fæcalis ATCC 29212 et Enterococcus fæcalis ATCC 51299 ont été utilisés comme témoins à des fins de contrôle de la qualité pour les tests de sensibilité des entérocoques.

Campylobacter

Les tests de sensibilité à tous les isolats de Campylobacter ont été effectués à l'aide d'une plaque de 9 antimicrobiens (tableau A.4). Les valeurs de CMI pour Campylobacter ont été établies par la méthode de microdilution en bouillon (CLSI M7-A7) et les tests de sensibilité aux antimicrobiens ont été effectués à l'aide des plaques CAMPY du National Antimicrobial Monitoring System (Sensititre^MC). Les colonies ont été étalées en stries sur des géloses Mueller Hinton contenant 5 % de sang de mouton, puis incubées en microaérophilie à 42 ± 1 °C pendant 24 heures. Une suspension de 0,5 McFarland de croissance bactérienne a été préparée ensuite en transférant les colonies bactériennes sélectionnées dans un tube contenant 5 mL de bouillon Mueller Hinton et en agitant le tube à l'aide d'un vortex pendant au moins 10 secondes. Puis, 10 μL du mélange Mueller Hinton ont été transférés dans un tube contenant 11 mL d'une gélose de Mueller Hinton contenant du sang de cheval hémolysé et on a agité le tube pendant 10 secondes. La suspension de Mueller Hinton était ensuite versée sur les géloses à raison de 100 μL par puits. Les plaques ont été scellées avec des feuilles de plastique adhésif et incubées en microaérophilie à 42 ± 1 °C pendant 24 heures. Campylobacter jejuni ATCC 33560 a été utilisé à titre d'organisme témoin à des fins de contrôle de la qualité. Les valeurs de CMI obtenues ont été comparées aux normes du CLSI (CLSI M45-A).

Valeurs seuils de la sensibilité aux antimicrobiens

Analyse des données sur la résistance aux antimicrobiens des isolats humains et des isolats provenant du secteur agroalimentaire

Les données recueillies dans le cadre des activités de surveillance des isolats humains et des isolats du secteur agroalimentaire ont été intégrées et conservées dans 2 référentiels de données (Oracle ^®, Oracle Corp., Redwood Shores, Calipour lanie, États-Unis) avant d'être transférées dans une base de données harmonisée (SAS^® 9.1, SAS Institute Inc., Cary, Caroline du Nord, États-Unis). Dans le cas de la composante Surveillance à la ferme du PICRA, les espèces bactériennes, les sérotypes et les données sur les CMI ont été conservées dans une base de données relationnelle (Microsoft^® Access, Microsoft Corp., Redmond, Washington, États-Unis).

Les données ont été analysées à l'aide de logiciels statistiques (SAS® 9.1; et Stata® 8, Stata Corp., College Station, Texas, États-Unis) et les résultats ont été exportés au format tableur (Microsoft® Excel 2000, Microsoft Corp.). Tous les tableaux et figures ont été créés à l'aide d'un tableur (Microsoft® Excel 2000). Dans le cas de la Surveillance à la ferme, les analyses statistiques sont basées sur des équations généralisées (PROC GENMOD, SAS® 9.1) pondérées pour l'effet troupeau. Tous les modèles statistiques utilisés dans les exploitations porcines étaient des modèles pour variables catégorielles binaires, avec fonctions logit et structure de corrélation échangeable. Les intervalles de confiance exacts ont été calculés avec l'énoncé BINOMIAL de PROC FREQ (SAS® 9.1) et un niveau alpha de 0,05. Lorsque la prévalence était égale à zéro, un seuil alpha de 0,1 était utilisé.

Dans le cas de la Surveillance à la ferme, de la Surveillance en abattoir et de la Surveillance de la viande vendue au détail, le taux de détection correspondait au nombre de cultures positives, divisé par le nombre total d'échantillons soumis pour mise en culture.

Le pourcentage d'isolats résistants aux antimicrobiens correspondait au nombre d'isolats résistants, divisé par le nombre total d'isolats testés pour chacun des antimicrobiens. Les valeurs seuils utilisées pour l'interprétation des résultats des tests de sensibilité sont présentées aux tableaux A.2, A.3 et A.4.

Les CMI intermédiaires ont été considérées comme étant sensibles aux antimicrobiens pour toutes les analyses. Une nouvelle valeur seuil pour la ceftriaxone a officiellement été adoptée par le CLSI en janvier 2010. Cette nouvelle valeur seuil a été utilisée pour toutes les données, incluant les données historiques. Elle a également été utilisée pour effectuer les analyses dans le cadre du Rapport annuel 2008. Le nombre total d'antimicrobiens pour chaque profil de résistance a été calculé en additionnant le nombre d'antimicrobiens auxquels chacun des isolats était résistant.

Pour établir les taux d'incidence provinciaux de résistance antimicrobienne chez l'humain, le nombre de cas cliniques d'infections associées à un sérotype particulier de Salmonella par 100 000 habitants-années a été calculé en divisant le nombre total d'isolats de chaque sérotype reçu par le PICRA pour chaque province par la taille de la population de cette dernière (estimations de Statistique Canada ultérieures au recensement du 1^er janvier 2005), le tout multiplié par 100 000. Les estimations nationales pour tous les sérotypes, à l'exception de S. Typhi et de S. Newport, ont été calculées de la façon suivante : pour les provinces les plus densément peuplées, le nombre d'isolats résistants et le nombre total d'isolats soumis étaient multipliés par 2, chaque mois. Le nombre d'isolats résistants (nombre estimé dans les provinces plus peuplées ou nombre réel dans les provinces moins peuplées) était additionné, ce qui donnait une estimation du nombre total d'isolats résistants. On a fait la somme du nombre total d'isolats soumis par province (nombre estimé dans les provinces densément peuplées ou nombre réel dans les provinces moins peuplées) pour obtenir une estimation du nombre total d'isolats soumis. Puis, le nombre total estimé d'isolats résistants était divisé par le nombre total estimé d'isolats soumis pour chaque antimicrobien testé, afin d'obtenir une estimation à l'échelle nationale de la résistance de chaque sérotype à chaque antimicrobien.

Les analyses de variations temporelles ont été effectuées pour des antimicrobiens sélectionnés. Dans la mesure du possible, un seul antimicrobien par classe a été choisi parmi ceux qui sont couramment utilisés dans le secteur agroalimentaire ou chez les humains. Certains antimicrobiens étaient exclus des analyses de variations temporelles pour les raisons suivantes :

• La prévalence des isolats bactériens résistants à l'antimicrobien en question était faible ou nulle, ou la valeur seuil était discutable ou encore d'autres antimicrobiens pouvaient être utilisés comme mesure indirecte de la résistance ou de la sensibilité intermédiaire (ex. : acide nalidixique pour la ciprofloxacine).
• L'isolat présentait de la résistance croisée à un autre antimicrobien sélectionné (ex. : amoxicilline-acide clavulanique et ceftiofur).
• L'utilisation de l'antimicrobien en question a été interdite pour le secteur agroalimentaire et la résistance à ce dernier persiste en raison de l'utilisation d'un autre antimicrobien (ex. : chloramphénicol).

Un modèle de régression logistique a été mis au point en utilisant l'année comme variable indépendante de type catégorielle. Les données ont été analysées à l'aide de logiciels offerts sur le marché (Stata 9.1®; ou la version R 2.2.1, R Foundation pour la Statistical Computing, Vienne, Autriche). Une estimation pénalisée du maximum de vraisemblance de Firth (Firth's penalized maximum likelihood estimation) a été effectuée (avec la version R 2.2.1) dans les cas où il y avait une séparation des données (une ou plusieurs cellules à zéro dans le tableau d'association). Dans la plupart des cas, l'année 2003 a été choisie comme année de référence, de sorte que des comparaisons entre les années 2003 et 2008 ont été effectuées. On a également comparé les années 2004 et 2008 pour la résistance à l'ampicilline et au ceftiofur parmi les isolats d'E. coli et de Salmonella provenant d'échantillons de poulet, afin d'évaluer les variations de la résistance après le retrait volontaire du ceftiofur au début de 2005 dans les couvoirs de poulets du Québec. L'année 2004 a également été utilisée comme année de référence pour les comparaisons de variations temporelles dans le cas de la résistance au ceftiofur et à l'ampicilline parmi les isolats humains de S. Heidelberg, car on croit que cette bactérie, retrouvée chez les humains, provient souvent du poulet. En Saskatchewan, l'année 2005 a été utilisée comme référence pour les analyses de variations temporelles dans le secteur de la vente au détail, puisqu'il s'agissait de la première année où le programme de surveillance de la viande vendue au détail du PICRA était en place dans cette province. Pour répondre aux demandes d'utilisateurs, des comparaisons entre les résultats de 2007 (l'année antérieure de surveillance) et ceux de 2008 sont également présentées dans ce rapport. Pour l'analyse des variations temporelles de la résistance des isolats de Salmonella et d'E. coli au ceftiofur et à l'ampicilline provenant de viande de poulet vendue au détail, l'année 2006 a été comparée à l'année 2008 en raison de changements survenus dans l'utilisation de ces antimicrobiens en 2007. Des valeurs de P ≤ 0,05 ont été considérées comme significatives pour toutes les analyses effectuées.

Des modèles de réponse binomiale par zéro ont été utilisés pour l'estimation de la prévalence de la résistance à chacun des antimicrobiens. Pour chaque modèle, on a utilisé l'intercepte (β₀) et un intervalle de confiance de 95 % pour calculer les estimations de la prévalence moyenne à l'aide de l'équation [1 + exp(-β₀)]^-1.

Utilisation des antimicrobiens

Collecte et analyse des données

Humains

Le Canadian CompuScript (CCS) est une base de données qui compile le nombre d'ordonnances et la quantité d'unités de produits délivrés par les pharmacies aux consommateurs au Canada. Les champs de données comprennent le nom du produit (y compris celui de son fabricant), sa présentation et son dosage, la province concernée, le nombre d'ordonnances, le nombre d'unités du produit et les montants en dollars dépensés par mois, pour chaque année.

En 2008, la base d'échantillonnage (ou « univers ») de cet ensemble de données comprenait environ 7980 pharmacies, ce qui représentait presque toutes les pharmacies au détail au Canada, à l'exception de celles qui se trouvent au Yukon, dans les Territoires du Nord-Ouest et au Nunavut. L'entreprise Intercontinental Medical Statistics (IMS) Health fait appel à une méthode d'extrapolation qui utilise des informations géospatiales pour calculer des facteurs de projection qui s'appliquent à tous les magasins non participants selon le nombre de magasins dans la région en cause, la distance entre ceux-ci et la taille du magasin. En 2008, on comptait 5092 magasins. Le facteur de projection a été utilisé pour extrapoler le nombre d'ordonnances délivrées dans les pharmacies de l'échantillon, au nombre de pharmacies de « l'univers » (7980 pharmacies).

Les antimicrobiens ont été classifiés et les doses thérapeutiques quotidiennes (DTQ) ont été déterminées en fonction du système de Classification anatomique des produits chimiques thérapeutiques ou ATC (tableau A.5). Lorsqu'elles étaient disponibles, des DTQ temporaires (qui ne sont pas encore approuvées, mais qui sont affichées sur le site Web de l'Organisation mondiale de la santé) ont été utilisées. Dans le cas du pédiazole, c'est la DTQ de l'éthylsuccinate d'érythromycine (2 g) qui a été utilisée. Pour l'administration orale de la pénicilline G, on a utilisé la DTQ de la benzilpénicilline par voie parentérale (3,6 g). Les antimicrobiens pour lesquels on ne disposait pas de DTQ ont aussi été exclus, notamment Trisulfaminic (dont la commercialisation a été interrompue en 2001; total de seulement 832 384 unités délivrées en 2000).

Bien qu'aucune pharmacie d'hôpital n'ait été incluse dans l'échantillon du CCS, les données de ce dernier comprennent une petite quantité d'antimicrobiens délivrés sous format non oral comme les antimicrobiens injectables ou administrés par inhalation. Les disparités relatives aux antimicrobiens non oraux, qui représentaient une très petite quantité des données du CCS, ont été jugées trop fréquentes. Par conséquent, le rapport de 2008 ne décrit que les antimicrobiens administrés par voie orale délivrés uniquement par les pharmacies au détail. Seules les informations sur les antimicrobiens du groupe J01 de la classification ATC (antimicrobiens pour utilisation systémique) ont été incluses dans l'analyse. Les informations relatives à la vancomycine administrée par voie orale (catégorie ATC A07AA) ont été incluses dans l'analyse sous la catégorie J01XA.

La quantité totale d'ingrédients actifs a été obtenue en multipliant le nombre d'unités (réelles ou corrigées) par le dosage du produit, en grammes. Dans le cas des combinaisons d'antimicrobiens, les quantités d'ingrédients actifs de tous les antimicrobiens en cause ont été additionnées pour obtenir la quantité totale d'ingrédients actifs. Cependant, la quantité d'ingrédients actifs utilisée dans le calcul du nombre total de DTQ, dans le cas des combinaisons d'antimicrobiens, ne comprenait que les molécules dont les DTQ étaient dérivées. Par exemple, dans le cas des antimicrobiens contenant de la triméthoprime-sulfaméthoxazole, seul le nombre total de grammes de sulfaméthoxazole a servi au calcul du nombre de DTQ.

Le nombre total de DTQ par 1000 habitants-jours pour une année donnée a été obtenu en additionnant toutes les DTQ de chaque catégorie ATC et de chaque année. Ce nombre était ensuite divisé par la taille de la population correspondant à l'année donnée en milliers, puis divisé par le nombre de jours de cette année (365 ou 366). Le nombre total d'ordonnances et le coût total par 1000 habitants ont été obtenus en divisant le nombre total d'ordonnances ou le coût total par la taille de la population en milliers pour chaque année. Les données sur la taille de la population provenaient d'estimations préliminaires et mises à jour ultérieures au recensement de 2001, ajustées pour tenir compte du sous-dénombrement net (Statistique Canada).

Dans les rapports du PICRA de 2002 et de 2003, la méthénamine et le linézolide étaient classifiés sous « Autres antimicrobiens ». En 2004, ils avaient été classés séparément afin d'harmoniser leur classification avec celles d'autres programmes de surveillance comme le programme intégré danois de recherche et de suivi de la résistance aux antimicrobiens (DANMAP). L'utilisation du métronidazole (catégorie J01XD - Imidazole) a été ajoutée en 2005. Les données sur le métronidazole n'ont pas pu être extraites au moment de l'analyse de l'année 2000. Ces renseignements sont donc absents des tableaux et ils n'ont pas été inclus dans les totaux de l'année 2000.

Les données ont été analysées à l'aide de logiciels statistiques (SAS® 9.1, SAS Institute Inc., Cary, Caroline du Nord, États-Unis); Stata® 8, Stata Corp., College Station, Texas, États-Unis) et les résultats ont été exportés au format tableur (Microsoft® Excel 2000, Microsoft Corp., Redmond, Washington, États-Unis).

Surveillance à la ferme des élevages porcins

La sélection des troupeaux porcins est décrite à la sous-section portant sur la résistance aux antimicrobiens dans le secteur agroalimentaire, sous la rubrique Surveillance à la ferme (annexe A). Les données sur ces troupeaux inscrits au programme ont été recueillies au moyen de questionnaires qui sont remplis par les vétérinaires consultants, les propriétaires ou les gérants des porcheries. Les questionnaires comportaient des questions sur l'utilisation des antimicrobiens au sein de chacun des troupeaux, sur la santé des porcs et sur les caractéristiques de l'exploitation.

Le questionnaire sur l'utilisation des antimicrobiens avait pour objet de recueillir des données sur les troupeaux de porcs en croissance-finition. Aucune donnée individuelle sur les porcs n'a été recueillie. Deux parcs de porcs représentatifs de cette population ont été sélectionnés et des échantillons de matière fécale y ont été prélevés à des fins d'isolement bactérien et pour faire l'objet de tests de sensibilité aux antimicrobiens. Par conséquent, dans le cas des élevages (ou lots) en tout plein/tout vide, la population à l'étude comprenait tous les porcs qui sont arrivés dans la porcherie et en sont sortis et qui faisaient partie du même groupe que les porcs échantillonnés. Dans le cas des élevages en rotation, la population étudiée pour la première période d'échantillonnage correspondait aux porcs en croissance-finition qui étaient dans la porcherie 4 mois avant le premier prélèvement d'échantillons de matière fécale. Au cours des périodes suivantes d'échantillonnage, la population étudiée correspondait aux porcs introduits dans la porcherie de croissance-finition depuis le prélèvement de la dernière série d'échantillons. L'intervalle entre les prélèvements a été d'environ 4 mois (moyenne : 4,3 mois; écart-type : 2,1 mois). Le poids des porcs à l'arrivée en croissance-finition variait selon les troupeaux.

Les questions portant sur la population à l'étude étaient légèrement différentes, selon qu'il s'agissait d'élevages en rotation ou en tout plein/tout vide. L'objectif était d'obtenir une description plus précise de ces différents systèmes. Dans les élevages en tout-plein/tout-vide, les porcs arrivent dans la porcherie et en sortent, en lots distincts. En évitant de mélanger les lots, on espère ainsi réduire les risques de propagation des maladies. Habituellement, les installations sont entièrement nettoyées et désinfectées entre chaque lot. Cette méthode d'élevage se fait généralement par salle ou par bâtiment. Dans les élevages en rotation, le retrait et l'arrivée des animaux se font de façon continue et aucun groupe distinct ne demeure ensemble au cours d'un stade de production donné.

Des questions ont également été posées aux propriétaires et aux gérants des troupeaux sur leur utilisation des antimicrobiens ajoutés à la nourriture, à l'eau ou administrés par injection. Des données ont été recueillies sur chacune des rations données à chacune des populations à l'étude, y compris sur les rations exemptes d'antimicrobiens. Puisque tous les porcs de chacune des populations à l'étude étaient exposés aux mêmes rations, les données sur le nombre de porcs exposés aux antimicrobiens ajoutés à la nourriture n'ont pas été recueillies. Les données sur chacune des rations portaient sur le poids des porcs au début et à la fin de la période durant laquelle ils avaient reçu la ration, sur la durée de la période et sur le poids (en tonnes) des aliments consommés correspondant à chacune de ces rations. Les informations additionnelles suivantes ont été recueillies pour les rations contenant des antimicrobiens : les ingrédients actifs, les concentrations des antimicrobiens et les raisons d'utilisation des antimicrobiens (les choix possibles incluaient entre autres les maladies entériques, la boiterie, les maladies respiratoires, la prévention des maladies, les facteurs de croissance). L'exposition aux antimicrobiens ajoutés à l'eau était décrite en fonction des ingrédients actifs contenus dans le médicament, du poids des porcs au début et à la fin de la période d'exposition, de la durée de cette période, du nombre de porcs exposés et des raisons d'utilisation des antimicrobiens. Les données recueillies sur l'utilisation des antimicrobiens administrés par injection portaient sur les ingrédients actifs contenus dans ce dernier, le nombre de porcs exposés et les raisons justifiant l'utilisation d'antimicrobiens. Aucune donnée sur l'utilisation des antimicrobiens n'a été recueillie pour les stades de production antérieurs au stade de croissance-finition. Toutes les données relatives à l'utilisation des antimicrobiens chez les porcs pesant moins de 15 kg ont été exclues, puisqu'à ce poids, les porcs ne sont pas considérés comme des porcs en croissance-finition au sein de l'industrie.

L'exposition aux antimicrobiens a été résumée pour chacun des troupeaux. Par exposition, en 2008, on entend une utilisation déclarée d'un ingrédient actif donné à l'animal par toute voie d'administration. Les données sont fournies par exposition à un ingrédient actif par une voie d'administration donnée, ainsi que par exposition à un ingrédient actif par toute voie d'administration. Ces expositions sont résumées par classe d'antimicrobiens^{Note de bas de page 45} . À noter que les traitements qui utilisent des antimicrobiens ajoutés à la nourriture sont habituellement administrés à de plus gros groupes d'animaux et pendant de plus longues périodes que les traitements faisant appel aux antimicrobiens ajoutés à l'eau. Par ailleurs, les antimicrobiens donnés par injection sont généralement administrés individuellement à un nombre limité de porcs.

Les données ont été consignées dans une base de données et toutes les statistiques correspondantes ont été calculées à l'aide de logiciels offerts sur le marché (Microsoft Excel^® 2003 et Microsoft Access^® 2003 [Microsoft Corp., Redmond, Washington, États-Unis] et Intercooled Stata^® version 9.2 [R Foundation pour la Statistical Computing, Vienne, Autriche]).

Les données sur l'utilisation des antimicrobiens ont été fournies pour chacun des troupeaux et pour chaque voie d'administration. Au Canada, la durée du stade de croissance-finition dans les élevages porcins est habituellement de 16 à 20 semaines. Par conséquent, les porcs dans une porcherie de croissance-finition sont remplacés environ 3 fois par année. Le programme de surveillance prévoit que chaque troupeau inscrit fasse l'objet d'un questionnaire sur l'utilisation des antimicrobiens, qui doit être rempli 3 fois par année à environ 4 mois d'intervalle, afin de dresser un portrait de l'utilisation des antimicrobiens durant une année civile.

En 2008, les données recueillies dans les questionnaires sur l'utilisation des antimicrobiens ont été regroupées de manière à ce que toute exposition aux antimicrobiens signalée dans un seul questionnaire fasse en sorte que l'on considère que le troupeau a été exposé. Les questionnaires visaient à recueillir des données quantitatives sur l'utilisation des antimicrobiens en ce qui a trait à l'exposition à ces derniers par la voie des aliments et de l'eau et non via les injections. Les résultats rapportés ne sont toutefois que qualitatifs et n'incluent ni les taux ni la durée d'exposition ou les doses d'antimicrobiens administrées.